使用 Python 运行英特尔 Fortran 二进制文件答案

【问题标题】：Run Intel Fortran binary with Python使用 Python 运行英特尔 Fortran 二进制文件
【发布时间】：2016-01-13 07:50:09
【问题描述】：

我正在尝试从 Mac 上的 Python 脚本中运行 Fortran 二进制文件。在命令行中，Fortran 二进制文件可以正常工作，但是当我在 Python 中使用 os.system 或 subprocess.open 运行它时，会出现以下错误：

dyld: Library not loaded: libimf.dylib
Referenced from: /Path/To/Binary
Reason: image not found

Fortran 二进制文件是使用 Intel Fortran 构建的。知道这里出了什么问题吗？

编辑：

我在 ~/.bash_profile 中设置了这些环境变量，但没有帮助：

export LD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.0.083/mac/compiler/lib"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.1.111/mac/compiler/lib"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/compilers_and_libraries/mac/lib"
export DYLD_LIBRARY_PATH="/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.0.083/mac/compiler/lib"
export DYLD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/compilers_and_libraries_2016.1.111/mac/compiler/lib"
export DYLD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/opt/intel/compilers_and_libraries/mac/lib"

我正在我的 Mac 上从终端运行 python 脚本。我尝试从 Python 打印

print os.environ['LD_LIBRARY_PATH']
print os.environ['DYLD_LIBRARY_PATH']

两者都给出以下错误：

KeyError: 'DYLD_LIBRARY_PATH'

编辑：

我尝试在我的 Python 代码中使用 os.system 运行另一个二进制文件，效果很好。

【问题讨论】：

可能是LD_LIBRARY_PATH问题，检查一下你的命令行和子进程中是否设置了这个。
你是直接从你的 bash shell 运行 python 吗？您应该使用详细信息而不是在 cmets btw 中编辑问题
您应该使用 os.environ 从 python 脚本中检查您的环境
以任何方式运行 fotran 二进制文件（可执行文件）与运行另一种二进制文件有什么不同吗？

标签： python bash fortran intel-fortran

【解决方案1】：

我预计问题是因为 Python 的 os.environ 字典中没有 'DYLD_LIBRARY_PATH' 键； DYLD_LIBRARY_PATH 的配置文件设置看起来不错，但 Python 没有收到它。

在我的优胜美地系统上，如果我使用英特尔提供的 compilervars.csh 脚本来设置 DYLD_LIBRARY_PATH（导致值为 /opt/intel/compilers_and_libraries_2016.1.111/mac/compiler/lib:...），那么以下操作对我来说成功

$ cat test.f90 && ifort test.f90 && python -c "import os; os.system('./a.out');"
print *, 'Hello World!'
end
 Hello World!

（在 bash 中，您可能会使用 compilervars.sh 脚本来代替。）

【讨论】：

【解决方案2】：

问题可能在于 Mac El Capitan 中内置的新系统完整性保护 (SIP)。基本上，当您运行受保护的进程时，例如 python 脚本，DYLD_LIBRARY_PATH 不会传递给脚本。

最好的解决方案是以避免使用动态库的方式重新编译您的 Fortran 二进制文件。或者，您可以通过禁用 SIP（可能不推荐）来防止此问题，如下所述：

Macworld Article

您可以通过搜索“DYLD_LIBRARY_PATH SIP”找到有关此问题的更多信息

【讨论】：