C 和 CUDA-C 代码中的 NVCC 链接错误

Question

我正在研究 DNA 片段组装程序。纯 CPU 版本是使用 GCC 用 C 语言构建的，我正在尝试使用 NVCC 构建 GPU 版本。

这是生成文件

all : clean FragmentAssembly.exe

FragmentAssembly.exe : Common.o Fragment.o ILS.o Consensus.o main.o
    nvcc -pg -o FragmentAssembly.exe Common.o Fragment.o ILS.o Consensus.o main.o 

Common.o : Common.cu
    nvcc -pg -o Common.o -c Common.cu

Fragment.o : Fragment.cu
    nvcc -pg -o Fragment.o -c Fragment.cu

ILS.o : ILS.cu
    nvcc -pg -o ILS.o -c ILS.cu

Consensus.o : Consensus.cu
    nvcc -pg -o Consensus.o -c Consensus.cu

main.o : main.cu
    nvcc -pg -o main.o -c main.cu

clean : 
    rm -f *.exe *.o

正如所见，原来的 .c 文件变成了 .cu 文件，供 nvcc 正确编译。 除了main.cu之外，所有的cu文件都包含它们对应的文件（Common.h for Common.cu等）。

ILS.h 包含全局变量p_instanceFragments 和p_instanceLength 的定义

问题是在编译 NVCC 时，由于未知原因，我收到以下错误：

Consensus.o:(.bss+0x0): multiple definition of `p_instanceFragments'
ILS.o:(.bss+0x0): first defined here
Consensus.o:(.bss+0x8): multiple definition of `p_instanceLength'
ILS.o:(.bss+0x8): first defined here

没有真正的多重定义，因为使用 GCC 正确构建了相同的代码。看起来ILS.h 被两次包含在 nvcc 中，分别是 ILS.cu 和 Consensus.cu。这也是不可能的，因为我已经用 #ifndef .. #define .. #endif 语句包装了我的所有头文件，以避免多次包含和无限包含循环。

也许与 makefile 命令有关？还是我应该使用 gcc 进行链接？能告诉我怎么处理吗？

问候，

Answer 1

经过讨论：这里描述发生了什么：

如果您使用 gcc 并且您有两个文件（比如说 f1.c 和 f2.c），并且在这两个文件中声明：

int myGlobalVariable;

然后会发生以下情况：

• 将f1.c编译成f1.o时，目标文件将为myGlobalVariable预留空间。
• 将f2.c编译成f2.o时，目标文件也会为myGlobalVariable预留空间。
• 当您将两个目标文件链接在一起时，链接器将检测到有两个名为 myGlobalVariable 的变量并将这些变量合并在一起。

现在看来nvcc 编译器/链接器不能够合并这些变量。

问题是，文件ILS.h 声明了<some type> p_instanceFragments;。因为ILS.h 包含在ILS.cu 和Consensus.cu 中，所以你会得到这个变量两次，nvcc 在它必须链接应用程序时会抱怨。

解决方案是在ILS.h 中声明extern <some type> p_instanceFragments;，然后在ILS.cu 或 Consensus.cu 中定义<some type> p_instanceFragments;（不能同时在两者中）。

What are extern variables in C 的问题有一个相当广泛的答案，详细解释了所有这些。