Unix。循环遍历名称相同但染色体编号不同的 Plink 文件。产生输出答案

【问题标题】：Unix. Loop through Plink files with same names but different chromosome numbers. Produce outputUnix。循环遍历名称相同但染色体编号不同的 Plink 文件。产生输出
【发布时间】：2017-10-23 22:15:20
【问题描述】：

我有 Unix 的基本知识。我有一个包含 22 个具有此名称模式的文件的列表：chr1_ASI、chr2_ASI、chr3_ASI...chr22_ASI。

我想在 OS X 终端中使用这个 Plink 命令遍历它们：

./plink --file /path/chr1_ASI --chr 1 --make-bed --out /path/chr1_ASI_filtered

2-22 号染色体也是如此。

我想在 Unix 中使用 for 循环来简化这个脚本。这就是我所拥有的。

for i in {1..22}; do ./plink --file /path/chr${1}_ASI --chr ${i} --make-bed --out /path/chr${i}_ASI_filtered; done

但这不起作用。我可能在做一些基本的错误。提前谢谢你。

已编辑：正如有人注意到的那样，我的错误只是写了 chr${1}_ASI 而不是 chr${i}_ASI。否则脚本运行得很好。

【问题讨论】：

哦，多么愚蠢的错误！谢谢@ZeroPhase

标签： shell loops unix genetics genome

【解决方案1】：

尝试将：/path/chr${1}_ASI 更改为 /path/chr${i}_ASI

【讨论】：