用于制作包含染色体信息的基本文件的 Python 脚本答案

【问题标题】：Python script to make basic file with chromosome information用于制作包含染色体信息的基本文件的 Python 脚本
【发布时间】：2012-06-10 10:50:33
【问题描述】：

我正在尝试制作一些用于基因分析的 .bed 文件。我是python初学者。我要制作的文件应该是 3 列，制表符分隔，第一列始终相同（染色体编号），第二列和第三列窗口大小为 200，从零开始，到染色体末端结束。例如：

chr20 0 200
chr20 200 400
chr20 400 600
chr20 600 800
...

我有染色体的大小，所以目前我想说'而第 2 列

output = open('/homw/genotyping/wholegenome/Chr20.bed', 'rw') 

column2 = 0
column1 = 0
while column2 < 55268282:
    for line in output:
        column1 = column1 + 0
        column2 = column2 + 100

        print output >> "chr20" + '\t' + str(column1) + '\t' + str(column2)

如果有人可以修复这个简单的脚本，使其按照我描述的方式运行，或者编写一个更好的解决方案，那将不胜感激。我考虑制作一个脚本，可以输出 20 条染色体和 chrX 的所有文件，但由于我需要指定染色体的大小，我认为我必须分别处理每个文件。

提前致谢！

【问题讨论】：

标签： python loops python-2.6 genetics

【解决方案1】：

这个怎么样：

step = 200 # change values by this amount
with open('Chr20.bed', 'w') as outfp:
   for val in range(0, 1000, step):  #increment by step, max value 1000
      outfp.write('{0}\t{1:d}\t{2:d}\n'.format('chr20', val, val+step))

根据要求提供制表符分隔的输出

chr20   0   200
chr20   200 400
chr20   400 600
chr20   600 800
chr20   800 1000

注意：使用with会在您完成或遇到异常时自动为您关闭文件。

如果您好奇，这将提供有关 .format() 函数的更多信息。

【讨论】：

@你使用的是 Python 2.6 吗？那么简单的改变，我会更新答案，但你只需要这个：outfp.write('{0} {1:4d} {2:4d}\n' ...
我确实是。谢谢，不过我应该如何首先定义步骤？
哦最后一件事，如何使列制表符分隔？
@user964689 只需在字段之间添加\t，我会为您更新答案，所有会改变的是最后一行。
很抱歉，脚本正在运行，并且似乎按照我的要求进行。但是当我将它作为需要制表符分隔文件的程序的输入运行时，它似乎不接受它。我不知道当我打开文件时问题是什么，它似乎是制表符分隔的。也许结局使用了一个未被接受的隐形角色？

【解决方案2】：

我建议您使用numpy.savetxt 函数将数据保存到文本文件：

windows = range(0, 55268282, 200)
numpy.savetxt('Chr20.bed', numpy.transpose((windows[:-1], windows[1:])), fmt=('chr20\t%d\t%d'))

【讨论】：

对不起，我使用 import numpy as np