dyld：找不到符号：__ZdaPvm - 在 Mac OS X 上运行 KING答案

【问题标题】：dyld: Symbol not found: __ZdaPvm - Running KING on Mac OS Xdyld：找不到符号：__ZdaPvm - 在 Mac OS X 上运行 KING
【发布时间】：2018-05-09 07:02:53
【问题描述】：

我在 Mac OS X 上运行 KING 时遇到问题。我认为这与 dyld 链接错误有关。有人对如何解决此错误有任何建议吗？

提前致谢。

   > ./king -b ./ex/ex.bed

dyld: Symbol not found: __ZdaPvm
  Referenced from: /Users/gaelgarcia/Downloads/./king (which was built for Mac OS X 10.13)
  Expected in: /usr/local/lib/libstdc++.6.dylib
 in /Users/gaelgarcia/./king
Abort trap: 6

【问题讨论】：

通常dyld 错误是动态链接器问题。以我的经验，问题在于编译。您使用的是什么版本的 Mac？你是从源代码编译KING的吗？它是用所有必需的库构建的吗？

标签： macos bioinformatics dyld genetics

【解决方案1】：

我在尝试使用 the provided precompiled Mac version 时遇到了类似的问题。我能够在解压缩的源目录中获得一个构建 from source 的运行版本：

clang++ -L /opt/local/lib/libomp/ -lm -lz -O2 -fopenmp -o king *.cpp

首先在上述目录中安装了 libomp。我使用 Macports，所以我使用了

port install libomp

对于 Homebrew 用户，the recommendation seems to be to simply install llvm, which now includes openmp support directly.

编辑：通过 Homebrew (brew install llvm) 安装了 llvm，在我的 Mac OS 10.12 上正确构建和运行 KING 的命令是：

/usr/local/Cellar/llvm/6.0.0/bin/clang++ -I /usr/local/Cellar/llvm/6.0.0/include -L /usr/local/Cellar/llvm/6.0.0/lib -O2 -fopenmp -lm -lz -o king *.cpp

使用提供的示例.bed 文件运行新建的可执行文件：

> ./king -b ../ex/ex.bed

KING 2.1.3 - (c) 2010-2018 Wei-Min Chen

The following parameters are in effect:
Binary File :    ../ex/ex.bed (-bname)

【讨论】：

谢谢你的回答，merv。你能详细说明一下你是如何安装libomp的吗？
谢谢。我刚刚按照建议安装了llvm，并将我的构建命令更新为：clang++ -L /usr/local/Cellar/llvm -lm -lz -O2 -fopenmp -o king *.cpp...但仍然遇到与openMP有关的错误?：clang: error: unsupported option '-fopenmp'。我不确定我是否正确指定-L。
@gaelgarcia，在the other answer 之后，您的行应该类似于：/usr/local/Cellar/llvm/bin/clang++ -I/usr/local/Cellar/llvm/include -L/usr/local/Cellar/llvm/lib -fopenmp -lm -lz -O2 king *.cpp。基本上，您将使用刚刚安装的 llvm 中的 clang。
我可以付钱给你喝杯咖啡吗？它正在工作！非常感谢，非常感谢。我对咖啡很认真。我正在编辑您的答案，以便为未来的患者明确解决方案。顺便说一句，就我而言，/usr/local/Cellar/llvm/6.0.0/bin/clang++ -I/usr/local/Cellar/llvm/6.0.0/include -L/usr/local/Cellar/llvm/6.0.0/lib（注意所有 3 个路径中的额外 6.0.0）-O2 -fopenmp -lm -lz 和 -o king *.cpp 成功了。

【解决方案2】：

对于像我这样在多年后寻找答案的人，我设法通过使用 Homebrew 安装 gcc 来解决这个问题。

brew install gcc

其中包括 libgfortran。可能没有必要，因为我在 Anaconda 中安装了 dyld，但我发现这是让 King 在我的 mac 上工作的最简单方法。

编辑：我还必须在我的 bash 个人资料中设置我的 DYLD_LIBRARY_PATH，方法是

nano ~/.bash_profile

添加

export DYLD_LIBRARY_PATH=/opt/local/lib/libgcc/

或者当您在计算机上搜索动态库 libgcc_s.1.dylib 时，它位于任何位置。

【讨论】：