为什么它说我的树没有分支长度？答案

【问题标题】：Why does it say my tree has no branch lengths when it does?为什么它说我的树没有分支长度？
【发布时间】：2019-12-31 12:33:35
【问题描述】：

我正在尝试使用 phytools 中的 phylosig 函数计算系统发育信号，但出现此错误：

Error in vcv.phylo(tree) : the tree has no branch lengths

但是，当我检查我的树时，它说它确实有分支长度！

> MCC_genus_tree

Phylogenetic tree with 1160 tips and 1159 internal nodes.

Tip labels:
    Anolis, Ornithorhynchus, Zaglossus, Tachyglossus, Rhynchocyon, Elephantulus, ...

Rooted; includes branch lengths.

发生了什么事？任何帮助，将不胜感激。

编辑：

我的树是从 vertlife 下载的 MCC 树。

【问题讨论】：

帮助我们帮助您。你能举个例子吗？可能有相同问题的树的较小版本？你用来生成树的代码怎么样？在不知道您是如何收到该消息的情况下，很难仅响应一条错误消息。
嗨，G5W，谢谢 - 我意识到这是一个写得很糟糕的问题！我已经更新了问题（但也找到了答案）。不过，感谢您的观看！

标签： r phylogeny ape-phylo

【解决方案1】：

答案是我搞砸了。我的数据没有名字，所以 phylosig 放弃了我所有的提示！

这就是我修复它的方法：

data_with_names <- data_without_names$trait
names(data_with_names) <- data_with_names$species_names

【讨论】：