如何将 as.DNAbin{ape} 与存储在数据框中的 DNA 序列一起使用？

Question

我有一个数据框，其中一列是基因座名称，另一列是 DNA 序列。我正在尝试使用 as.DNAbin{ape} 或类似方法来创建 DNAbin 对象。

这里有一些示例数据：

x

如果我尝试y <- as.DNA(x) R 创建一种 DNAbin 对象，其中包含 4 个长度为 2 的 DNA 序列（示例的 4 行）（我假设为两列），没有标签，当然也没有碱基组成也不起作用。

文档不是很清楚，但是在玩过包的woodmouse示例数据后，我认为我需要做的是创建一个以每个基为列的矩阵，然后使用as.DNAbin。 IE。在上面的示例中，一个 4 x 84 矩阵（1 列用于位点名称，83 列用于序列？）。关于如何做到这一点的任何建议？还是有更好的主意？

谢谢

Answer 1

as.DNAbin 的第一个参数应该是包含 DNA 序列的矩阵或列表，或“对齐”类的对象。所以，你的想法是对的。

鉴于x是原始帖子的结构，下面的代码准备矩阵y：

y <- t(sapply(strsplit(x[,2],""), tolower))
rownames(y) <- x[,1]

然后as.DNAbin(y) 显示：

4 DNA sequences in binary format stored in a matrix.

All sequences of same length: 83 

Labels: 55548 43297 35309 34468 

Base composition:
    a     c     g     t 
0.289 0.262 0.205 0.244