在 R 中创建 QQ 图答案

【问题标题】：Creating a QQ plot in R在 R 中创建 QQ 图
【发布时间】：2014-04-05 19:43:51
【问题描述】：

我一直在尝试在 R 中创建一个 qq 图。我很难使用我的结果，所以我尝试遵循“遗传病例对照研究中的基本统计分析，Clarke 等人”中的示例。

步骤 5, a, iii) 我已将路径和模型替换为必填字段，如下所示：

data<-read.table("C:\Users\X\Desktop\BIOM3006\Alternate/data.assoc.logistic",header=TRUE);pdf("C:\Users\X\Desktop\BIOM3006\Alternate/pvalue.qq.plot.pdf");

obs<-−log10(sort(data[data$TEST=="ADD",]$P));exp<-−log10(c(1:length(obs))/(length(obs)+ 1));plot(exp, 

obs<-ylab="Observed(−logP)",xlab="Expected(−logP)",ylim=c(0,20),xlim=c(0,7)) lines(c(0,7),c(0,7),col=1,lwd=2);dev.off()

这是我收到的错误消息：

data<-read.table("C:\Users\Tom\Desktop\BIOM3006\Alternate/data.assoc.logistic",header=TRUE);pdf("C:\Users\Tom\Desktop\BIOM3006\Alternate/pvalue.qq.plot.pdf");
Error: '\U' used without hex digits in character string starting ""C:\U"

obs<-−log10(sort(data[data$TEST=="ADD",]$P));exp<-−log10(c(1:length(obs))/(length(obs)+ 1));plot(exp, 
Error in log10(sort(data[data$TEST == "ADD", ]$P)) : 
 non-numeric argument to mathematical function

In addition: Warning message:
In is.na(x) : is.na() applied to non-(list or vector) of type 'NULL'

obs<-ylab="Observed(−logP)",xlab="Expected(−logP)",ylim=c(0,20),xlim=c(0,7))
Error: unexpected ',' in "obs<-ylab="Observed(-logP)","

lines(c(0,7),c(0,7),col=1,lwd=2)
Error in plot.xy(xy.coords(x, y), type = type, ...) : 
plot.new has not been called yet

;dev.off()
Error: unexpected ';' in ";"

我仍在使用这个软件，所以如果我忽略了一些明显的东西，任何帮助都将不胜感激和抱歉。汤姆

【问题讨论】：

我会说重新检查您用于加载数据的文件路径 - 看起来您在两个方向都有斜线
Stedy 可能是对的。使用.Platform$file.sep 的输出来查看如何分隔路径的元素。
这与QQ图无关。 R 中的反斜杠用于转义后面的字符。 "\U" 开始定义 unicode 字符，因此它期望在 "\U" 之后有一个十六进制值。例如，尝试在 R 控制台输入“\U03A3”。文件路径使用正斜杠（在 Windows 中也是如此）。见this post。

标签： r quantile genetics

【解决方案1】：

我想说你已经很接近了，有一些格式问题需要一些小修复（例如<- 和-log 之间没有空格），但除此之外它看起来还可以，虽然很难说没有可重复的例子。

data <- read.table("C:\Users\X\Desktop\BIOM3006\Alternate/data.assoc.logistic",header=TRUE)
pdf("C:\Users\X\Desktop\BIOM3006\Alternate/pvalue.qq.plot.pdf")
obs <- −log10(sort(data[data$TEST=="ADD",]$P))
exp<- −log10(c(1:length(obs))/(length(obs)+ 1))
plot(exp, obs, ylab="Observed(−logP)",xlab="Expected(−logP)",ylim=c(0,20),xlim=c(0,7)) lines(c(0,7),c(0,7),col=1,lwd=2))
dev.off()

【讨论】：

【解决方案2】：

我同意上面的评论，问题不在于你的代码本身，而在于"\U"。

顺便说一句，我发布了一个更简单的脚本，用于创建 QQ 图，使用 plink 输出，如您的示例所示。

# If you call the script from bash it may include the name of your plink.qassoc file
args=(commandArgs(TRUE))
ARG = args[1]

# check libraries. It may download some from the Internet
if(!("methods" %in% rownames(installed.packages())))  
install.packages("methods")
library("methods")
if(!("ggplot2" %in% rownames(installed.packages())))  
install.packages("ggplot2")
library("ggplot2")

# Input data file (it is different for your file)
filename = paste ("../plink_files/", ARG, ".plink.qassoc.adjusted",sep="")
data = read.table (file = filename, header=T)

# Takes proability vector. 
PROB = data$UNADJ

# minus Log-P
logQQ = -log(data$QQ  ,10)
logP  = -log(PROB,10)

# QQ Plot
qqplot = ggplot (data = data, aes (x = logQQ, y = logP )) + geom_point(shape=1)
  qqplot = qqplot + xlab("Expected -logP values") + ylab("Observed -logP values")
  qqplot = qqplot + geom_abline (intercept = 0, slope = 1, color="red")
  qqplot = qqplot + ylim(0,max(logQQ,logP)) + xlim (0,max(logQQ,logP))

# Saving plot into a file
output = paste ("../results/", ARG, "_QQplot.jpg", sep="")
ggsave(output, plot = qqplot,width=6.47,height=4.67)

【讨论】：

【解决方案3】：

对我来说它的工作原理：我只是做了一些小的修改。看数据

obs

plot(exp,ylab="Observed(−logP)",xlab="Expected(−logP)",ylim=c(0,20),xlim=c(0,7))

线(c(0,7),c(0,7),col=1,lwd=2);

dev.off()

【讨论】：