knitr 在缓存 = TRUE 的 Stan 块上失败答案

【问题标题】：knitr fails on Stan chunk with cache=TRUEknitr 在缓存 = TRUE 的 Stan 块上失败
【发布时间】：2023-04-06 21:46:01
【问题描述】：

根据this Github issue（对于knitr v1.12标记为固定），应该可以在knitr中缓存Stan块，这样每次我们编织文件时都不需要重新编译Stan模型对象.

但是，使用 knitr v1.20（RStudio v1.1.463 中的 R v3.5.1），当第二次编织文件时（因此缓存已经建立），我得到一个错误：

Quitting from lines 9-18 (Testing_Stan_cache.Rmd) 
Error in fun(environment()) : invalid first argument
Calls: <Anonymous> ... call_block -> <Anonymous> -> lazyLoad -> lazyLoadDBexec -> fun
Execution halted

示例 Rmarkdown 文件（错误中提到的第 9-18 行是 Stan 块）：

---
title: "Testing Stan cache"
output: html_document
---

## Stan model

```{stan output.var="ex1", cache=TRUE}
data {
  int<lower=0, upper=1> X[100];
}
parameters {
  real<lower=0, upper=1> p;
}
model {
  X ~ bernoulli(p);
}
```

## Run the model 

```{r}
library(rstan)
fit <- sampling(ex1, data=list(X = rbinom(100, 1, 0.3)))
print(fit)
```

我也尝试在 Stan 块选项中使用 cache.lazy=FALSE，但得到不同的错误：

Quitting from lines 23-26 (Testing_Stan_cache.Rmd) 
Error in sampling(ex1, data = list(X = rbinom(100, 1, 0.3))) : 
  object 'ex1' not found
Calls: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> withVisible -> eval -> eval -> sampling
Execution halted

【问题讨论】：

标签： r knitr rstan

【解决方案1】：

这是 knitr 的错误，I just fixed on Github。请尝试当前的开发版本：

remotes::install_github('yihui/knitr')

【讨论】：