在java中将字符串转换为位向量答案

【问题标题】：Convert String into bitvector in java在java中将字符串转换为位向量
【发布时间】：2016-07-21 09:10:24
【问题描述】：

我想根据字符位值（用户指定）将一个字符串转换成其对应的位向量。我正在处理基因组字符串，其中我只有 4 个字符，即 A、G、C、T。我想用java中的以下位值来表示它们

A = 01
G = 11
C = 10
T = 00

现在给定一个字符串“AGGT”，那么它对应的位值应该是 01111100。我尝试过如下操作：

 BitSet A = new BitSet(2);
 BitSet G = new BitSet(2);
 BitSet C = new BitSet(2);
 BitSet T = new BitSet(2);
 A.set(01);
 G.set(00);
 C.set(11);
 T.set(10);

String p = "AGGT";
BitSet bb = new BitSet();
for(int i = 0, n = p.length() ; i < n ; i++) { 
   bb.set(p.charAt(i))      
}

我做错了什么？如何以正确的方式做到这一点？

【问题讨论】：

你只想要字符串表示还是数字？
您可能没有阅读 BitSet 上的 JavaDoc。例如，A.set(01) 应该是 A.set(1)，即您只需将位设置在索引 1 处，而将索引 0 处的第一位设置为未设置/0。

标签： java string bitvector

【解决方案1】：

正如@Thomas 所指出的，BitSet.set(int) 并没有像您预期的那样工作。

public void set(int bitIndex)
将指定索引处的位设置为真。

所以：G.set(00) 不会将G 的两位设置为0：它将G 的第二位（位置1）设置为true。

但是您不使用最初创建的位集：如果您在字符串中遇到A，您实际上是在将第 66 位（在位置 65）设置为 true，因为 65 是char 字面量 'A' 的整数值。

最简单的方法就是在循环中进行切换：

Bitset bb = new BitSet(2 * p.length());
for (int i = 0; i < p.length(); ++i) {
  switch (p.charAt(i)) {
    case 'A':
      bb.set(2*i + 0, false);
      bb.set(2*i + 1, true);
      break;
    case 'G':
      bb.set(2*i + 0, false);
      bb.set(2*i + 1, false);
      break;
    // etc.
  }
}

（没有必要将位设置为false；但它只是更明确一点）。

【讨论】：