我应该如何构建包含 Cython 代码的 Python 包答案

【问题标题】：How should I structure a Python package that contains Cython code我应该如何构建包含 Cython 代码的 Python 包
【发布时间】：2011-05-29 04:35:18
【问题描述】：

我想制作一个 Python 包，其中包含一些 Cython 代码。我的 Cython 代码运行良好。但是，现在我想知道如何最好地打包它。

对于大多数只想安装软件包的人，我想包含 Cython 创建的 .c 文件，并安排 setup.py 编译该文件以生成模块。那么用户不需要安装 Cython 来安装包。

但是对于可能想要修改包的人，我还想提供 Cython .pyx 文件，并且以某种方式还允许 setup.py 使用 Cython 构建它们（所以那些用户会需要安装 Cython）。

我应该如何构建包中的文件以适应这两种情况？

Cython documentation gives a little guidance。但它并没有说明如何制作单个 setup.py 来处理有/没有 Cython 的情况。

【问题讨论】：

我看到这个问题得到的赞成票比任何答案都多。我很想知道为什么人们会觉得答案不令人满意。
我找到了this section of the documentation，它给出了准确的答案。

标签： python packaging cython

【解决方案1】：

我现在自己在 Python 包中完成了这项工作 simplerandom (BitBucket repo - 编辑：现在是 github)（我不认为这是一个受欢迎的包，但这是一个很好的机会学习 Cython）。

这种方法依赖于这样一个事实，即使用 Cython.Distutils.build_ext（至少在 Cython 版本 0.14 中）构建一个 .pyx 文件似乎总是在与源 .pyx 文件相同的目录中创建一个 .c 文件。

这里是setup.py 的精简版，我希望它能够显示要点：

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension

try:
    from Cython.Distutils import build_ext
except ImportError:
    use_cython = False
else:
    use_cython = True

cmdclass = {}
ext_modules = []

if use_cython:
    ext_modules += [
        Extension("mypackage.mycythonmodule", ["cython/mycythonmodule.pyx"]),
    ]
    cmdclass.update({'build_ext': build_ext})
else:
    ext_modules += [
        Extension("mypackage.mycythonmodule", ["cython/mycythonmodule.c"]),
    ]

setup(
    name='mypackage',
    ...
    cmdclass=cmdclass,
    ext_modules=ext_modules,
    ...
)

我还编辑了MANIFEST.in 以确保mycythonmodule.c 包含在源分发中（使用python setup.py sdist 创建的源分发）：

...
recursive-include cython *
...

我不会将 mycythonmodule.c 提交给版本控制“主干”（或 Mercurial 的“默认”）。当我发布一个版本时，我需要记住首先做一个python setup.py build_ext，以确保mycythonmodule.c 存在并且是最新的源代码分发。我还创建了一个发布分支，并将 C 文件提交到该分支。这样我就有了与该版本一起分发的 C 文件的历史记录。

【讨论】：

谢谢，这正是我正在开放的 Pyrex 项目所需要的！ MANIFEST.in 让我一时不爽，但我只需要那一行。出于兴趣，我将 C 文件包含在源代码管理中，但我认为您的观点是不必要的。
我已经编辑了我的答案，以解释 C 文件如何不在主干/默认中，而是添加到发布分支中。
@CraigMcQueen 感谢您的出色回答，它对我帮助很大！但是，我想知道，在可用时使用 Cython 是理想的行为吗？在我看来，默认情况下使用预先生成的 c 文件会更好，除非用户明确想要使用 Cython，在这种情况下他可以设置环境变量或其他东西。这将使安装更加稳定/健壮，因为用户可能会根据他安装的 Cython 版本获得不同的结果 - 他甚至可能不知道他已经安装了它并且它正在影响包的构建。

【解决方案2】：

添加到 Craig McQueen 的答案：请参阅下文，了解如何覆盖 sdist 命令以让 Cython 在创建源代码分发之前自动编译您的源文件。

这样您就不会冒意外分发过时的C 资源的风险。在您对分发过程的控制有限的情况下，它也有帮助，例如从持续集成等自动创建分布时。

from distutils.command.sdist import sdist as _sdist

...

class sdist(_sdist):
    def run(self):
        # Make sure the compiled Cython files in the distribution are up-to-date
        from Cython.Build import cythonize
        cythonize(['cython/mycythonmodule.pyx'])
        _sdist.run(self)
cmdclass['sdist'] = sdist

【讨论】：

【解决方案3】：

http://docs.cython.org/en/latest/src/userguide/source_files_and_compilation.html#distributing-cython-modules

强烈建议您分发生成的 .c 文件以及 Cython 源代码，以便用户无需 Cython 即可安装您的模块。

还建议在您分发的版本中默认不启用 Cython 编译。即使用户安装了 Cython，他也可能不想使用它来安装您的模块。此外，他的版本可能与您使用的版本不同，并且可能无法正确编译您的源代码。

这只是意味着您附带的 setup.py 文件将只是生成的 .c 文件上的普通 distutils 文件，对于我们将拥有的基本示例：
from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
 
setup(
    ext_modules = [Extension("example", ["example.c"])]
)

【讨论】：

【解决方案4】：

最简单的方法是包含两者但只使用 c 文件？包含 .pyx 文件很好，但是一旦有了 .c 文件就不需要了。想要重新编译 .pyx 的人可以安装 Pyrex 并手动进行。

否则，您需要为 distutils 自定义 build_ext 命令，该命令首先构建 C 文件。 Cython 已经包含一个。 http://docs.cython.org/src/userguide/source_files_and_compilation.html

该文档没有说明如何使这个条件成为条件，但是

try:
     from Cython.distutils import build_ext
except ImportError:
     from distutils.command import build_ext

应该处理它。

【讨论】：

感谢您的回答。这是合理的，尽管我更喜欢在安装 Cython 时 setup.py 可以直接从 .pyx 文件构建。 My answer 也实现了这一点。
嗯，这就是我回答的重点。这不是一个完整的 setup.py。

【解决方案5】：

包含 (Cython) 生成的 .c 文件非常奇怪。尤其是当我们将它包含在 git 中时。我更喜欢使用setuptools_cython。当 Cython 不可用时，它会构建一个内置 Cython 环境的 egg，然后使用 egg 构建您的代码。

一个可能的例子：https://github.com/douban/greenify/blob/master/setup.py

更新（2017-01-05）：

因为setuptools 18.0，所以没有必要使用setuptools_cython。 Here 是一个在没有 setuptools_cython 的情况下从头开始构建 Cython 项目的示例。

【讨论】：

这是否解决了即使您在 setup_requires 中指定 Cython 也无法安装的问题？
也不能将'setuptools>=18.0' 放入setup_requires 而不是创建方法is_installed？
@capa但是如果您使用的是 setuptools setuptools_cython。
感谢@McKelvin，这似乎是一个很好的解决方案！有什么理由为什么我们应该使用另一种方法，在此旁边预先对源文件进行cythonizing？我试过你的方法，安装时似乎有点慢（安装需要一分钟，但构建需要一秒钟）。
@Martinsos pip install wheel。那么一定是原因1。请先安装轮子再试一次。

【解决方案6】：

我想出的简单技巧：

from distutils.core import setup

try:
    from Cython.Build import cythonize
except ImportError:
    from pip import pip

    pip.main(['install', 'cython'])

    from Cython.Build import cythonize


setup(…)

如果无法导入，只需安装 Cython。可能不应该共享此代码，但对于我自己的依赖项来说已经足够了。

【讨论】：

【解决方案7】：

所有其他答案要么依赖于

distutils
从 Cython.Build 导入，这会在通过 setup_requires 要求 cython 和导入它之间产生先有鸡还是先有蛋的问题。

现代解决方案是改用 setuptools，请参阅 this answer（自动处理 Cython 扩展需要 setuptools 18.0，也就是说，它已经可用很多年了）。具有需求处理、入口点和 cython 模块的现代标准 setup.py 可能如下所示：

from setuptools import setup, Extension

with open('requirements.txt') as f:
    requirements = f.read().splitlines()

setup(
    name='MyPackage',
    install_requires=requirements,
    setup_requires=[
        'setuptools>=18.0',  # automatically handles Cython extensions
        'cython>=0.28.4',
    ],
    entry_points={
        'console_scripts': [
            'mymain = mypackage.main:main',
        ],
    },
    ext_modules=[
        Extension(
            'mypackage.my_cython_module',
            sources=['mypackage/my_cython_module.pyx'],
        ),
    ],
)

【讨论】：

在设置时从 Cython.Build 导入会导致 ImportError。使用 setuptools 编译 pyx 是最好的方法。

【解决方案8】：

这是我编写的设置脚本，它可以更轻松地在构建中包含嵌套目录。需要从包中的文件夹运行它。

Givig 结构如下：

__init__.py
setup.py
test.py
subdir/
      __init__.py
      anothertest.py

setup.py

from setuptools import setup, Extension
from Cython.Distutils import build_ext
# from os import path
ext_names = (
    'test',
    'subdir.anothertest',       
) 

cmdclass = {'build_ext': build_ext}
# for modules in main dir      
ext_modules = [
    Extension(
        ext,
        [ext + ".py"],            
    ) 
    for ext in ext_names if ext.find('.') < 0] 
# for modules in subdir ONLY ONE LEVEL DOWN!! 
# modify it if you need more !!!
ext_modules += [
    Extension(
        ext,
        ["/".join(ext.split('.')) + ".py"],     
    )
    for ext in ext_names if ext.find('.') > 0]

setup(
    name='name',
    ext_modules=ext_modules,
    cmdclass=cmdclass,
    packages=["base", "base.subdir"],
)
#  Build --------------------------
#  python setup.py build_ext --inplace

编译愉快 ;)

【讨论】：

【解决方案9】：

我发现只使用 setuptools 而不是功能受限的 distutils 的最简单方法是

from setuptools import setup
from setuptools.extension import Extension
try:
    from Cython.Build import cythonize
except ImportError:
    use_cython = False
else:
    use_cython = True

ext_modules = []
if use_cython:
    ext_modules += cythonize('package/cython_module.pyx')
else:
    ext_modules += [Extension('package.cython_module',
                              ['package/cython_modules.c'])]

setup(name='package_name', ext_modules=ext_modules)

【讨论】：

事实上，使用 setuptools 不需要从 Cython.Build 显式导入 try/catched，请参阅我的答案。

【解决方案10】：

我想我通过提供自定义build_ext 命令找到了一个很好的方法。思路如下：

我通过覆盖finalize_options()并在函数体中执行import numpy来添加numpy标头，这很好地避免了numpy在setup()安装之前不可用的问题。
1234563 .我们也只是在我们的模块中提供了功能的后半部分：这意味着如果 cython 不可用但我们有 C 扩展，它仍然可以工作，这允许您进行源代码分发。

代码如下：

import re, sys, os.path
from distutils import dep_util, log
from setuptools.command.build_ext import build_ext

try:
    import Cython.Build
    HAVE_CYTHON = True
except ImportError:
    HAVE_CYTHON = False

class BuildExtWithNumpy(build_ext):
    def check_cython(self, ext):
        c_sources = []
        for fname in ext.sources:
            cname, matches = re.subn(r"(?i)\.pyx$", ".c", fname, 1)
            c_sources.append(cname)
            if matches and dep_util.newer(fname, cname):
                if HAVE_CYTHON:
                    return ext
                raise RuntimeError("Cython and C module unavailable")
        ext.sources = c_sources
        return ext

    def check_extensions_list(self, extensions):
        extensions = [self.check_cython(ext) for ext in extensions]
        return build_ext.check_extensions_list(self, extensions)

    def finalize_options(self):
        import numpy as np
        build_ext.finalize_options(self)
        self.include_dirs.append(np.get_include())

这允许人们只写 setup() 参数而不必担心导入以及是否有可用的 cython：

setup(
    # ...
    ext_modules=[Extension("_my_fast_thing", ["src/_my_fast_thing.pyx"])],
    setup_requires=['numpy'],
    cmdclass={'build_ext': BuildExtWithNumpy}
    )

【讨论】：