如何计算 nifti 医学图像的单个体素的体积？答案

【问题标题】：How to compute the volume of a single voxel of nifti medical image?如何计算 nifti 医学图像的单个体素的体积？
【发布时间】：2020-06-03 21:50:30
【问题描述】：

我已经使用 nibabel 工具加载了一个 nifti 图像文件，并且我已经使用了一些属性。但我不知道如何计算单个体素的体积（以 mm³ 为单位）。

【问题讨论】：

欢迎来到 Stack Overflow！请使用tour 并阅读How to Ask。请edit 发布您自己的努力来解决这个问题。后者最好在代码中，这称为minimal reproducible example。
计算单个体素的体积（以 mm³ 为单位）您可以计算每个切片中的像素数，然后您相乘您的像素以 像素间距 计算，如果您可以提供您用于读取数据的代码、您的数据样本以及您想要计算其体积的器官的详细信息它，那么也许我可以提供更多帮助。

标签： volume voxel medical nifti nibabel

【解决方案1】：

按照 OP 的要求，这是使用 NiBabel 的答案：

import nibabel as nib
nii = nib.load('t1.nii.gz')
sx, sy, sz = nii.header.get_zooms()
volume = sx * sy * sz

【讨论】：

【解决方案2】：

我不是 NiBabel 专家，但我可以推荐 Python 的 SimpleITK 包。我经常用它来读取 NifTi 图像文件。它有一个方法GetSpacing()，它返回以毫米为单位的像素间距。

import SimpleITK as sitk

# read image
im = sitk.ReadImage("/path/to/input/image.nii")

# get voxel spacing (for 3-D image)
spacing = im.GetSpacing()
spacing_x = spacing[0]
spacing_y = spacing[1]
spacing_z = spacing[2]

# determine volume of a single voxel
voxel_volume = spacing_x * spacing_y * spacing_z

【讨论】：

在 Nibabel 中你会得到图像的标题，然后你会得到间距：header.get_zooms()