创建与现有包同名的包函数答案

【问题标题】：Creating package functions with the same name as existing package创建与现有包同名的包函数
【发布时间】：2019-06-13 10:54:59
【问题描述】：

作为 dplyr 语法的大力支持者，我创建了一个包，该包可用于处理具有相似语法的研究中经常使用的类（summarizedExperiment 或 se）。（包名清理）。

例如，我定义了一个名为 filter.SummarizedExperiment 的新 filter 函数，它以 se 作为其第一个参数，并将调度函数定义为 filter <- function(se, axis, ...){UseMethod("filter")}。

这按预期工作，但加载 cleanse 包后，dplyr 等效函数被屏蔽，过滤数据帧不再起作用。

有什么方法可以调整我的包，以便仍然可以使用 dplyr 的原始数据框版本，并且调度将根据其第一个参数是否为自动使用 dplyr 或清理版本数据框还是 SummarizedExperiment？最好的方法是什么？

PS1：我知道使用显式命名空间的解决方案，即使用 dplyr::filter，但我想要一个基于类自动调度的解决方案。
PS2：dplyr 是 cleanse 的依赖，所以所有用户都会安装 dplyr。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

dplyr 已经为filter 定义了一个泛型，所以只需定义您自己的方法。这里我们在se 对象上调用filter 时返回字符串se，因此在filter.se 中适当地替换正文：

library(dplyr)
filter.se <- function(x, ...) "se"
filter.default <- filter.ts <- stats::filter

dplyr 的filter clobbers base R 的过滤器和上面的最后一行是可选的，修复了这个问题，但如果你不使用它，那么无论何时你想使用 base filter，你都必须使用stats::filter。

测试一下：

filter(BOD, Time < 5)
filter(1:5, 3)
filter(structure(1, class = "se"))

【讨论】：

谢谢！我试过你的建议。如果我首先加载 dplyr，则此方法有效，但是当仅加载 cleanse 时，se 的调度失败并且调用 stats::filter 而不是 cleanse::filter。与此一致，我使用过滤器的文档示例在运行包的错误检查时失败。是否有解决方案，以便在仅加载 cleanse 时正确调度过滤器？
问题说明 dplyr 已加载，答案清楚地表明库已运行。 .如果问题是错误的并且 dplyr 没有加载，那么泛型将不存在，您必须自己定义泛型。如果它仍然不起作用，可以尝试将 dplyr 放入 Depends: 和/或定义 filter.data.frame 以调用 dplyr 的版本。