sudo R CMD javareconf 解决方案不起作用答案

【问题标题】：sudo R CMD javareconf solution not workingsudo R CMD javareconf 解决方案不起作用
【发布时间】：2020-02-09 18:16:06
【问题描述】：

我正在尝试在 RStudio 中运行 rJava，但没有成功：

Error: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.1.jdk/Contents/Home/lib/server/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found

使用 rJava 问题的通用解决方案，'sudo R CMD javareconf' 不起作用并给我这个输出：

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 11.0.6
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.6.jdk/Contents/Home
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar

trying to compile and link a JNI program 
detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/include -I$(JAVA_HOME)/include/darwin
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
clang -I"/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include" -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.6.jdk/Contents/Home/include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.6.jdk/Contents/Home/include/darwin  -isysroot /Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk -I/usr/local/include  -fPIC  -Wall -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
clang-7: warning: no such sysroot directory: '/Library/Developer/CommandLineTools/SDKs/MacOSX.sdk' [-Wmissing-sysroot]
In file included from conftest.c:1:
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.6.jdk/Contents/Home/include/jni.h:39:10: fatal error: 
      'stdio.h' file not found
#include <stdio.h>
         ^~~~~~~~~
1 error generated.
make: *** [conftest.o] Error 1
Unable to compile a JNI program


JAVA_HOME        : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk-11.0.6.jdk/Contents/Home
Java library path: 
JNI cpp flags    : 
JNI linker flags : 
Updating Java configuration in /Library/Frameworks/R.framework/Resources
Done.

之前有没有人遇到过这个错误并且知道如何解决它？

【问题讨论】：

我看到你正在运行一台 linux 机器。安装 rJava 有一些先决条件。运行这些命令。 "sudo apt-get install -y default-jre" "sudo apt-get install -y default-jdk" "sudo R CMD javareconf" 然后以 sudo 用户打开 R 并运行 'install.packages("rJava")' 退出RStudio 并再次打开。欲了解更多信息，请访问r-bloggers.com/installing-rjava-on-ubuntu
他在 Mac 上。你可以从/Library/...
R、Java 和 macOS 是造成一团糟的因素 :) owsiak.org/r-3-4-rjava-macos-and-even-more-mess 同样，对于旧版本的 R - owsiak.org/r-java-rjava-and-macos-adventures - 在你的情况下看起来您还没有安装XCode 和Command Line Tools。您可以从App Store 免费安装XCode。
当您使用 Java 11 时，我认为这可能是您的最佳选择：owsiak.org/r-java-11-and-making-sure-you-can-load-rjava

标签： java r stdio rjava

【解决方案1】：

在升级到 Catalina 后，我最近遇到了一位同事这样的问题。我的解决方案是再次安装有问题的 JDK 版本。看起来您的系统在 11.0.6 和 11.0.1 之间存在混淆。

转到此页面： https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/java-archive-javase11-5116896.html
下载并安装 11.0.1
sudo R CMD javareconf
sudo Rstudio # 提升权限
install.packages("rJava")

如果这不起作用，请从第 2 步开始重试，但使用来自 https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/overview/index.html 的 11.0.6

【讨论】：

感谢@Brandon，第 4 行对我不起作用，因为无法识别 Rstudio cmd。即使没有它，library(rJava) 现在也可以工作，但运行依赖它的其他函数会使 RStudio 崩溃，因为它仍在搜索其他地方。我现在都安装了，并通过调整 .bash_profile 中的 java_home 在它们之间切换。您是否建议删除不同的版本？
它可能只是 sudo rstudio 小写。我不是在这里使用 Mac。
在控制台中运行 R 时是否会出现同样的错误？（R，然后在 R repl 处 library(rJava)。
最后的诀窍是向 Rstudio 显示用户 Rmadillo 在这里识别的位置：github.com/rstudio/rstudio/issues/2254
@ThijsvandenBurg 添加它作为答案！

【解决方案2】：

最终的诀窍是向 Rstudio 显示用户 Rmadillo 在此处识别的位置：

github.com/rstudio/rstudio/issues/2254

只需在每次使用 rJava 包之前运行它即可。

【讨论】：