如何阻止 normalizePath 返回标记化路径答案

【问题标题】：How to stop normalizePath from returning a tokenized path如何阻止 normalizePath 返回标记化路径
【发布时间】：2012-12-27 16:56:04
【问题描述】：

我有一个 R 程序，它执行大量数据分析并将结果输出到文本文件。不幸的是，当我打电话时

system2("open", file_path_as_absolute(toFile));

R 解释器声明如下

'../output/HLA-A,B,C,DR,DP,DQ' not found
'GT2' not found
'vs' not found
'LT2_DRB1_output2of9.10.11.12.13.14.16.25.26.28.30.31.32.33.37.38.40.47.57.58.60
.67.70.71.73.74.77.78.85.86.txt' not found

基于此错误，我假设 file_path_as_absolute 标记了文件名，但我不确定如何禁用它。我也尝试过 normalizePath()，但我得到了同样的错误。

编辑

文件本身被称为

"HLA-A,B,C,DR,DP,DQ GT2 vs LT2_DRB1_output2of9.10.11.12.13.14.16.25.26.28.30.31.32.33.37.38.40.47.57.58.60.67.70.71.73.74.77.78.85.86.txt"

并且位于../output

这是我打开文件时运行的代码，它给了我同样的错误

openSesame <- paste0('"', file_path_as_absolute(toFile), '"');
system2("open", openSesame);

【问题讨论】：

帮助文件说file_path_as_absolute 是normalizePath 的包装，所以你得到相同的答案也就不足为奇了。请提供可重现的示例：toFile 是什么？它里面有空格吗（通常是个坏主意）？如果是这样，您可能需要用引号保护它......看起来错误来自操作系统（即来自open），而不是R解释器......
PS你检查file_path_as_absolute(toFile)的结果了吗？
@BenBolker toFile 是保存我要打开的文件名的变量。如何用引号保护它？输出文件的名称中确实包含空格。
paste0('"',file_path_as_absolute(toFile)),'"') 可能会起作用。但是一个可重复的例子tinyurl.com/reproducible-000 会很有帮助。
这不行，我会在我的原帖上给你看更新后的代码

标签： r text runtime-error token output

【解决方案1】：

我可以让以下代码在我的系统上运行，从存在姐妹目录../output 的目录开始（我的系统上没有open，所以我使用gedit 作为外部命令）：

fn <- "HLA-A,B,C,DR,DP,DQ GT2 vs LT2_DRB1_output2of9.10.11.12.13.14.16.25.26.28.30.31.32.33.37.38.40.47.57.58.60.67.70.71.73.74.77.78.85.86.txt"
prot <- function(x) paste0('"',x,'"')
writeLines(c("a","b"),con=paste0("../output/",fn))
n <- tools::file_path_as_absolute(paste0("../output/",fn))
file.show(n)
system2("gedit",prot(n))

您能否按照这些思路制作一个在您的系统上失败的可重现示例？（file.show() 适合你吗？）

（出于代码格式化的目的，作为答案而不是评论发布......）

【讨论】：

我实现了你的代码，但我仍然收到同样的错误。
意味着您已经运行了我在上面显示的代码（但使用open 而不是gedit）？还是您想将我的想法融入您的代码中？可以想象，这是一个特定于平台的东西（你在 MacOS 上吗？），我明天也许可以在 Mac 上尝试这个——但否则，如果没有 可重现的例子（对不起）。请参阅上面 cmets 中的链接...