【发布时间】:2015-04-23 04:37:22
【问题描述】:
在我正在制作的程序的这一部分中,我将一个普通的字母序列转换为 fasta 格式。我需要采用这种 fasta 格式并放入一个文件形式,以便我可以将其发送到稍后将在代码中出现的程序。在第 3 行中,我创建了“fasta.txt”。我需要将第 8 行的输出 fastaform 放在该文件中。在最后一行中,我尝试执行此操作,但没有成功,我不知道该怎么做。我觉得这应该很简单,但我是新手。
infname = sys.argv[2]
handle = open(infname, "r")
file = open("fasta.txt", "w")
for line in handle:
linearr = line.split()
seqid = linearr[0]
seq = linearr[1]
fastaform = (">%s\n%s\n" % (seqid,seq))
print fastaform >> "fasta.txt"
【问题讨论】: