在 R 中创建报告答案

【问题标题】：Creating reports in R在 R 中创建报告
【发布时间】：2012-07-14 18:15:27
【问题描述】：

我在 Rstudio 上发布了一个类似的问题，但我认为询问堆栈用户会很有用。

我的问题基本上是这样的：如何创建具有嵌入式 R 图形的文档，其他人可以轻松评论？

在过去的几个月里，我一直想知道如何在我的公司内快速传播 R 分析，而不必从 R 中粘贴大量图表和表格。我对嵌入 R 代码不感兴趣，但我确实想成为能够自定义我的情节去哪里，并从 R 中编写文本（标题、标题和段落）。R2wd 包具有巨大的潜力，但 Rstudio 正在使 HTML、pdf 和 Latex 的高质量文档的整个生产更加直观。这些格式通常更加灵活，看起来更好，并充分利用了 R 的功能。

通常（但不一定正确）与 Word 相关的功能使我（我可能又错了）不太可能切换到这些其他格式。分析完成后，它会上传到公共驱动器或以电子方式传播，然后同事/主管/可以：

使用跟踪更改查看文档（即编辑文本，然后让您选择是否接受更改），并且
对文本部分的评论 (cmets)。

这两个功能在发布报告时绝对至关重要（尤其是以前未审查过的新型分析），我想知道您将如何以 Rstudio 当前支持的格式执行此操作（例如HTML、latex、pdf），或者只是您通常如何处理这些问题。我很想改用 pdf 等更好的格式，但我不知道这是否意味着失去上述两个功能。

【问题讨论】：

我的 2 美分在这里：yihui.name/en/2012/03/a-really-fast-statistics-journal 今年夏天我们正在研究一个示例，希望在 8 月您可以看到如何使用 knitr 编写报告、使用 GIT 跟踪更改、与拉取请求协作以及评论 Github 或 disqus。

标签： r graphics pdf-generation report pdflatex

【解决方案1】：

结合您讨论过的工具（rstudio 和 sweave/knitr），您可能希望查看 pandoc 程序，该程序将从这些工具创建的格式转换为其他工具，包括 word .docx 文件（和其他）。因此，一种选择是在 R 或 Rstudio 中创建一个基本模板文件，并在创建时使用内置工具来处理和查看它。然后，当您准备好共享文档（包含嵌入式图表、输出等）时，您可以将其转换为 .docx 文件，并且协作者可以评论和跟踪更改。

其他选项是使用 R2wd（如问题中所述，但请注意它使用非免费工具）或 R2HTML 或 rtf 包来创建也可以使用 ms word 读取的那些类型的文件。

【讨论】：

如何从 Word 回到 pandoc？对我来说仍然像是一条单行道。
@DirkEddelbuettel，这有点像单行道，pandoc 只是在不同格式之间进行转换。它不能从 .docx 文件翻译，但可以从 .html 文件翻译（可以从 MSWord 中保存，但我不知道这对跟踪更改或 cmets 有什么影响）。它不会转换回原始的 knitr 或 sweave 来源。我同意最好在原始模板上进行所有协作，但如果某些协作者只会使用 Word，那么这种方法比从 excel 复制/粘贴更好。

【解决方案2】：

看看 Sweave（以 R 为基础）和 knitr --- 以及关注同一主题的 CRAN Task View on Reproducible Research 中的所有内容。

【讨论】：

Dirk，我认为 OP 的问题更多是关于如何创建具有嵌入式 R 图形的文档，人们可以轻松评论，而不是可重复的研究。在问题中，OP 表示他熟悉 knitr，但问题是 PDF 文档没有简单的“跟踪更改”功能。可悲的是，普通公司员工将无法使用 EMAC 或 LaTEX。
仅仅因为有人“喜欢 Word 并跟踪更改”并不能使 R 生态系统拥有它。在我们这边，跟踪更改意味着使用修订控制系统，文本将是乳胶或降价。这就是生活。
谢谢你们。我已经编辑了这个问题，以便它直截了当。

【解决方案3】：

也许您可以将 knitr'ed HTML 导入 Google Docs。在那里，您不仅可以跟踪更改，还可以进行实时编辑。不过我没试过。

【讨论】：

是的。我能够使用带有 Knitr 的 RStudio 将 html 输出保存到谷歌驱动器。从那里我可以打开它，但它有所有的 html 标签，对我的非编码员眼睛非常不友好。然后我可以通过单击文件>打开方式>谷歌文档将其移动到常规谷歌文档。当时是 Google Doc，在我看来，它是团队协作处理文档的最佳方式。 Google Docs 看起来不如 html 好。我会进一步探索。

【解决方案4】：

这是我对你的问题的看法。关于编写可重现的报告（或数据分析），正如 Dirk 建议的那样，我建议使用 knitr 或 Sweave（我个人更喜欢 knitr）。在我工作的公司中，我以可复制的格式编写所有报告，以便人们能够复制我的研究，并帮助我轻松更改一些参数{在我使用我们产品的情况下}并获得新报告只需一秒钟。

关于编辑和校对部分，您可以使用http://www.mendeley.com/。我和我的团队确实有一个关于 Mendeley 的私人小组，我与他们分享我的报告，他们可以轻松地对报告发表评论。我们还可以相互共享文档。对我很有用。

【讨论】：