Roxygen2 在构建和检查期间无法找到类定义

Question

我在使用 devtool 的 build() 和 check() 函数构建 R 包时遇到了许多问题。最严重的是这些函数在R目录下的.R文件中找不到用setClass创建的类定义。

例如，以下代码包含在 R\rnet.input.R 中，并定义了一个对象，该对象包含从它继承的更涉及的类的各种插槽。

#' rnet.input - An S4 class for accepting input data common for generating all rnet objects. These objects are used to handle rnet objects and need not be called by the user.
#' 
#' The superclass for holding input for rnet functions.
#' 
#' @slot RawData A dataframe containing the original dataset.
#' @slot cor_method The type of correlation matrix to use. Must be a partial match to one of the following strings: 'pearson', 'spearman', 'kendall'.
#' @slot cor_pairing Method for handling how missing data is handled in pairs. See 'pair' argument in function 'cor' for more information.
#' @slot n_threshold The minimum number of valid pair-wise observations that must exist for an edge to be estimated. Vertex pairs with fewer valid pair-wise observations are assumed to be conditiontally independent.
#' @slot L1_orig The declared L1 penalty to be used when estimating rnet topology
#' @slot v_set_orig The declared set of k variables to be included in the rnet as vertices
#' @slot Forced_zeros A matrix with 2 columns containing pairs of vertices to force to be conditionally independent in the rnet
#' @slot Layout_master A k x 2 matrix x & y coordinates of each vertex in the graph.

rnet.input <- setClass(Class = "rnet.input",
                   slots = list(
                     RawData = 'data.frame',
                     cor_method = 'character',
                     cor_pairing = 'character',
                     n_threshold = 'numeric',
                     L1_orig = 'numeric',
                     V_set_orig = 'character',
                     Forced_zeros = 'matrix',
                     Layout_master = 'ANY'
                   )
)

但是，在 build() 和 check() 期间，由于以下错误，该过程失败：

Error in reconcilePropertiesAndPrototype(name, slots, prototype, superClasses,  :no definition was found for superclass “rnet.input” in the specification of class “rnet.basic”

我尝试将 .R 文件放置在多个位置定义这些类的位置。唯一发生变化的情况是当我在一个文件中拥有所有 5 个定义时，此时检查将运行，但仍声称它们在某些时候未定义并且存在“sodoc”冲突。我也尝试过添加名称、rdname、export 和 exportClass 标签，但这并没有解决任何问题。

其他问题包括 check() 声称具有文档的数据集未记录，并且其他数据集在多个位置创建，即使对这些对象的代码引用仅在单个文件中出现一次。

感谢任何帮助。

Answer 1

好的，这很容易。

您需要添加#' @include Rnet_classes.R，例如在setGeneric('Assign_Emetadata' 的文档中，以便roxygen2 知道它应该在之前渲染。

这将在您的说明文件中添加一个Collate: 字段。