使用 org-mode 构建分析

Question

我正在努力为我的项目更好地利用 org-mode。我认为识字编程特别适用于数据分析领域，而 org-mode 让我们可以做一些非常棒的识字编程。

我想你们中的大多数人都会同意我的观点，即编写分析的工作流程与大多数其他类型的编程不同。我不只是编写程序，我探索数据。而且，虽然其中许多探索都是死胡同，但我不想完全删除/忽略它们。我只是不想每次执行 org 文件时都重新运行它们。我也倾向于找到或开发我想放入分析模板中的有用代码块，但其中一些块与每个项目都不相关，我想知道如何让 org-mode 忽略这些执行整个缓冲区时的块。这是一个简化的示例。

* Import
  - I want org-mode to ignore import-sql.
#+srcname: import-data
#+begin_src R :exports none :noweb yes
<<import-csv>>
#+end_src

#+srcname: import-csv
#+begin_src R :exports none
data <- read.csv("foo-clean.csv")
#+end_src

#+srcname: import-sql
#+begin_src R :exports none
library(RSQLite)
blah blah blah
#+end_src

* Clean
  - This is run on foo.csv, producing foo-clean.csv
  - Fixes the mess of -9 and -13 to NA for my sanity.
  - This only needs to be run once, and after that, reference.
  - How can I tell org-mode to skip this?
#+srcname: clean-csv
#+begin_src sh :exports none
sed .....
#+end_src

* Explore

** Explore by a factor (1)
   - Dead end. Did not pan out. Ignore.
   - Produces a couple of charts showing there is not interaction.
#+srcname: explore-by-a-factor-1
#+begin_src R :exports none :noweb yes
#+end_src

** Explore by a factor (2)
   - A useful exploration that I will reference later in a report.
   - Produces a couple of charts showing the interaction of my variables.
#+srcname: explore-by-a-factor-2
#+begin_src R :exports none :noweb yes
#+end_src

我希望能够使用 org-babel-execute-buffer 并让 org-mode 以某种方式知道跳过代码块 import-sql、clean-csv 和 explore-by-a-factor-1。我希望它们在 org 文件中，因为它们与项目相关。毕竟，明天有人可能想知道为什么我如此确定 explore-by-a-factor-1 没有用。我想保留该代码，这样我就可以完成绘图或分析或其他任何事情并继续进行，但不是每次我重新运行所有内容时都运行它，因为没有理由运行它。与 clean-csv 一样。我想要它，记录我对数据做了什么（以及为什么），但我不想每次都重新运行它。我将只导入 foo-clean.csv。

我用谷歌搜索了这一切，并阅读了一堆 org-mode 邮件列表档案，我能够找到一些想法，但不是我想要的。导出文件时，EXPORT_SELECT_TAGS、EXPORT_EXCLUDE_TAGS 很棒。在创建实际的源文件时， :tangle 标头效果很好。我不想做这两件事。我只想执行缓冲区。我希望能够以类似的方式定义要执行或忽略的代码块。我想我想找到一种方法来拥有一个 org 变量，例如：

EXECUTE_SELECT_TAGS

这样我可以简单地标记我的各种代码块并完成它。如果我可以然后只使用带有特定标签的源块来运行该文件，那就更好了。我找不到这样做的方法，我想我会在询问/乞求 org-mode 中的新功能之前先询问一下。

Answer 1

我想通了。来自组织手册：

:eval 标头参数可用于限制特定代码块的评估。 :eval 接受两个参数“never”和“query”。 :eval never 将确保永远不会评估代码块，这对于防止评估危险代码块很有用。 :eval 查询将需要对代码块的每次执行进行查询，而不管 org-confirm-babel-evaluate 变量的值如何。

所以你只需要添加

:从不评估

到您不想执行的块的标题，瞧！

Answer 2

虽然我的问题从未得到答案，但讨论很有趣，显然基于 org-mode 的 R 模板让一些人觉得这是一个有趣的想法。我将源代码下载到 org-mode 并查看了 org-babel-execute-buffer。正如我所担心的那样，它是一个幼稚的函数，它完全按照它所说的去做，仅此而已。 （当前）不可能向它传递任何其他参数来影响它的行为。 （除非我严重误读了 lisp，这是完全可能的。）

最终，我决定 org-babel-execute-buffer 对于有用的 R 模板系统来说不是必需的。 Babel 的 noweb 功能非常灵活，我认为使用 noweb 构建一个可行的解决方案是可能的，而不是尝试开发一个复杂的标记模式来定义如何/何时运行。

对于纠结/导出，应该仍然可以使用标签来创建可用/合理的输出。

有兴趣的朋友：LiterateR

使用这个帖子把它放在那里可能有点粗鲁，但这就是我首先问这个问题的原因。 TemplateR 是我试图让 R 更易于使用的尝试。现在它只是一个具有两个简单功能的模板。在这一点上，我认为这是一个概念证明。最终，我想开发一些可以帮助人们更快地开发 R 项目的东西。 TemplateR 将通过以下方式完成此操作： 1. 提供一个强大的结构来发展。 2. 提供内置功能，为常见任务提供支持，特别是在可重复性研究领域。 3. 提供可快速重新用于当前项目的测试代码的 sn-ps。

目前，它提供的只是一个基本结构/框架和两个简单​​的功能。 1. 确定缺少哪些 R 包（基于手动输入到表中的内容）和 2. 创建项目目录（绘图、数据、报告）。

未来的版本中会提供更多功能。 README.org 和 TODO.org 更详细。