Linux 上的 GROMACS 缺少 Doxygen 可执行文件答案

【问题标题】：Missing Doxygen Executable for GROMACS on LinuxLinux 上的 GROMACS 缺少 Doxygen 可执行文件
【发布时间】：2021-02-13 19:09:08
【问题描述】：

我正在尝试为我的硕士项目在 Linux 上安装 GROMACS。我已经按照本指南https://github.com/rehanzfr/MDSimulations/blob/master/README.md 中的说明进行操作，我已经接近最后一步，运行这条线：

sudo cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF -DCMAKE_C_COMPILER=gcc -DREGRESSIONTEST_PATH=/home/username/Downloads/GromacsDownload/regressiontests-2020

但是，我在最后一关掉了下来，我得到了错误：

-- Doxygen not found. Documentation targets will not be generated.
CMake Error at tests/CMakeLists.txt:103 (message):
  REGRESSIONTEST_PATH invalid.  The path needs to contain gmxtest.pl.


-- Configuring incomplete, errors occurred!
See also "/home/er/Downloads/GromacsDownload/gromacs-2020/build/CMakeFiles/CMakeOutput.log".
See also "/home/er/Downloads/GromacsDownload/gromacs-2020/build/CMakeFiles/CMakeError.log".

这是我第一次使用 GROMACS、Linux 和以这种方式安装软件。因此，尽管我相当有信心我缺少一些库（也可能有更多错误）。我不知道如何找到它、安装它，甚至不知道该放在哪里。

任何有关如何解决这些问题的帮助将不胜感激，或者如果我遵循的指南不正确，如何重新开始并正确安装 GROMACS。

注意：我已经阅读了 GROMACS 网站上的安装指南，但它假定的熟悉程度超出了我的能力范围。

提前感谢您，如果您需要更多信息，请告诉我。

【问题讨论】：

标签： simulation doxygen windows-subsystem-for-linux

【解决方案1】：

我不知道 GROMACS 是什么，但可能以下内容会对它有所启发。

Doxygen 原则上不是一个库，而是一个必须安装的程序，因此任何一个版本都适用于您的平台（尽管可能不是 doxygen 的最新版本，当前版本是 1.9.1）并且您可以通过apt-get 调用直接安装它，否则您必须从https://www.doxygen.nl/download.html 下载源代码或直接从https://github.com/doxygen/doxygen 的存储库中获取源代码。获得源代码后，您可以使用 cmake / make / install doxygen 版本构建并使用它。

【讨论】：

感谢您的解释。我可以问我如何使用 apt-get 吗？我尝试输入“sudo apt-get Doxygen”，但显然这是一个无效命令。另外，我将 Doxygen 安装到哪个目录有关系吗？
我认为你必须这样做 sudo apt-get install doxygen （但它也可能是另一个名称，但请查看 tutorialspoint.com/how-to-install-doxygen-on-ubuntu 或在互联网上搜索 sudo apt-get install doxygen。我无法尝试我没有带有 apt-get 的系统）。当安装过程正确时，它应该将 doxygen 添加到您的路径中，并且在打开一个新的终端窗口后它应该可以开箱即用）（当然您必须重新运行 cmake）。