如何将 R Markdown 转换为 PDF？答案

【问题标题】：How to convert R Markdown to PDF?如何将 R Markdown 转换为 PDF？
【发布时间】：2012-06-17 00:22:15
【问题描述】：

我之前询问过commands for converting R Markdown to HTML。

将 R Markdown 文件转换为 PDF 文档的好方法是什么？

一个好的解决方案是尽可能多地保留内容（例如，图像、方程式、html 表格等）。该解决方案需要能够从命令行运行。一个好的解决方案还应该是跨平台的，并且理想情况下可以最大限度地减少依赖关系，以便更轻松地共享 makefile 等。

具体来说，有很多选择：

是否将RMD转MD转HTML转PDF；或 RMD 到 MD 到 PDF；或 RMD 转 PDF
如果在 R 中使用 markdown 包，需要指定哪些选项
是否使用pandoc、R 中内置的包或其他东西

这是一个示例rmd file，它可能为任何提议的解决方案提供了合理的测试。它被用作this blog post 的基础。

【问题讨论】：

我相信 pandoc 应该是最好的选择。将它构建到 R 中对我来说没有多大意义，而且我认为也不可能（它是用 Haskell 编写的）。我在这里有一些非常早期的工作：github.com/yihui/knitr-book（参见两个 shell 脚本knit 和mdconvert.sh）。由于 LaTeX 过于灵活，因此可能很难提出一个通用的方法； pandoc 可以使用各种模板。
什么是'R Markdown*？ rstudio.com/ide/docs/r_markdown
markdowntopdf.com 这个网站其实还不错。但是，没有乳胶支持
我们可以为 RStudio v1.0 更新这个答案吗？

标签： r-markdown knitr pandoc

【解决方案1】：

按照这些简单的步骤：

1：在 Rmarkdown 脚本中运行 Knit(Ctrl+Shift+K) 2：然后打开html markdown后点击在浏览器中打开（左上角）和 html 在您的网络浏览器中打开 3：然后使用Ctrl+P保存为PDF。

【讨论】：

【解决方案2】：

如果你不想安装任何东西，你可以输出 html。然后打开 html 文件 - 它应该在浏览器窗口中打开，然后右键单击打印。如果您使用的是 Mac，请在打印窗口中选择右下角的“另存为 pdf”。瞧！

【讨论】：

【解决方案3】：

更新答案（2013 年 2 月 10 日）

rmarkdown 包：现在有一个与 Pandoc 接口的rmarkdown package available on github。它包括一个render 函数。该文档非常清楚地说明了如何将 rmarkdown 转换为 pdf 在一系列其他格式中。这包括在 rmarkdown 文件中包含输出格式或运行向 rend 函数提供输出格式。例如，

render("input.Rmd", "pdf_document")

命令行： 当我从命令行运行 render 时（例如，使用 makefile），我有时会遇到找不到 pandoc 的问题。据推测，它不在搜索路径上。以下答案解释了how to add pandoc to the R environment。

例如，在我运行 OSX 的计算机上，我通过 RStudio 拥有 pandoc 的副本，我可以使用以下内容：

Rscript -e "Sys.setenv(RSTUDIO_PANDOC='/Applications/RStudio.app/Contents/MacOS/pandoc');library(rmarkdown);  library(utils); render('input.Rmd', 'pdf_document')"

旧答案（大约 2012 年）

因此，许多人建议 Pandoc 是要走的路。请参阅下面的说明，了解拥有最新版本 Pandoc 的重要性。

使用 Pandoc

我使用以下命令将R Markdown 转换为HTML（即a variant of this makefile），其中RMDFILE 是没有.rmd 组件的R Markdown 文件的名称（它还假设扩展名是@987654334 @ 而不是 .Rmd)。

RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

然后这个命令转换成pdf

Pandoc -s example-r-markdown.html -o example-r-markdown.pdf

关于这一点的几点说明：

我删除了将绘图导出到 imgur 以托管图像的示例文件中的引用。
我删除了对 imgur 上托管的图像的引用。数字似乎需要是本地的。
markdownToHTML 函数中的选项意味着图像引用指向文件而不是存储在 HTML 文件中的数据（即，我从选项列表中删除了 'base64_images'）。
结果输出看起来像this。与我从浏览器将 HTML 文件打印为 pdf 文件相比，它显然制作了一个非常 LaTeX 风格的文档。

获取最新版本的 Pandoc

正如@daroczig 所述，拥有最新版本的 Pandoc 以输出 pdf 文件非常重要。在 2012 年 6 月 15 日的 Ubuntu 上，我在包管理器中一直使用 1.8.1 版的 Pandoc，但从 change log 看来，对于 pdf 支持，您至少需要 1.9+ 版的 Pandoc。

因此，我安装了caball-install。然后跑：

cabal update
cabal install pandoc

Pandoc 安装在~/.cabal/bin/pandoc 因此，当我运行pandoc 时，它仍然看到的是旧版本。在此处查看adding to the path。

【讨论】：

感谢您的回答。我只想评论一下，我的经验是，将 .md 文件提供给 pandoc，而不是 .html 文件，可以提供更好的输出。所以值得尝试。
这也是我最接近一个好的过程。有什么方法可以将图形文本从“plot chunk of ...”更改为其他内容？
pandoc 即使在我现在已经过时的 Ubuntu 13.04 中也是 1.12 版。

【解决方案4】：

只需两步：

从这里安装最新版本的“pandoc”：

https://github.com/jgm/pandoc/releases

在library(knitr)中调用函数pandoc

library(knitr)
pandoc('input.md', format = 'latex')

因此，您可以将“input.md”转换为“input.pdf”。

【讨论】：

【解决方案5】：

我发现使用 R studio 是最简单的方法，但是如果想从命令行进行控制，那么一个简单的 R 脚本可以使用 rmarkdown 渲染命令（如上所述）来完成。完整脚本详情here

#!/usr/bin/env R

# Render R markdown to PDF.
# Invoke with:
# > R -q -f make.R --args my_report.Rmd

# load packages
require(rmarkdown)

# require a parameter naming file to render
if (length(args) == 0) {
    stop("Error: missing file operand", call. = TRUE)
} else {
    # read report to render from command line
    for (rmd in commandArgs(trailingOnly = TRUE)) {
        # render Rmd to PDF
        if ( grepl("\\.Rmd$", rmd) && file.exists(rmd)) {
            render(rmd, pdf_document())
        } else {
            print(paste("Ignoring: ", rmd))
        }
    }
}

【讨论】：

【解决方案6】：

现在（2014 年 8 月）您可以使用 RStudio 将 R Markdown 转换为 PDF。基本上，RStudio 使用 pandoc 将 Rmd 转换为 PDF。

您可以将元数据更改为：

添加目录
更改图形选项
更改语法高亮样式
添加 LaTeX 选项
还有更多...

【讨论】：

'knit PDF' 选项在 Ubuntu 14.04、pandoc v1.17.1 中不可用。有什么需要做的设置吗？
你有什么版本的 RStudio？您是否创建了新的 rmarkdown 文件？
Rstudio - v 0.98.507
让我们continue this discussion in chat.
@Prradep 谈话的结果是什么？

【解决方案7】：

我认为你真的需要 pandoc，这是专为这项任务设计和构建的出色软件 :) 除了 pdf，您还可以将 md 文件转换为例如docx 或 odt 等等。

好吧，installing an up-to-date version of Pandoc 可能在 Linux 上具有挑战性（因为您需要整个 haskell-platform˙ 从源代码构建），但在 Windows/Mac 上非常容易，只需下载几兆字节。

如果你有 brewed/knitted markdown 文件，你可以在例如 bash 中调用 pandoc 或使用 R 中的 system 函数。后者的 POC 演示在 Ṗandoc.convert function of my little package 中实现（你一定很无聊，因为我试图抓住每一个机会把你的注意力放在那里）。

【讨论】：

+1 功能看起来不错；你有推荐的将 R Markdown 转换为 PDF 的单行 pandoc 命令吗？
在命令行中添加 --toc 会很有用（根据您的标题生成 nics 目录），还可以根据您的需要自定义 LaTeX 模板（例如添加 \listoffigures 和/或\listoftables 等）可能会产生精彩的文档。
apt-get install pandoc 有什么挑战？
@sumid 您可能错过了 up-to-date 部分（好吧，如果您不使用测试）。
是的，你是对的 - 两次。我错过了它，我也在使用测试；-) 然后我认为更容易临时允许在sources.list 中进行测试并进行apt-get install -t testing pandoc 然后安装haskell-platform 和编译。（通常我是通过实验来做到这一点的。我希望在测试中也能以同样的方式工作。）

【解决方案8】：

对于看起来更像从浏览器打印时获得的选项，wkhtmltopdf 提供了一个选项。

在 Ubuntu 上

sudo apt-get install wkhtmltopdf

然后使用与 pandoc 示例相同的命令来获取 HTML：

RMDFILE=example-r-markdown  
Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$RMDFILE.rmd', '$RMDFILE.md'); markdownToHTML('$RMDFILE.md', '$RMDFILE.html', options=c('use_xhml'))"

然后

wkhtmltopdf example-r-markdown.html example-r-markdown.pdf

生成的文件看起来像this。它似乎没有处理 MathJax (this issue is discussed here)，而且分页符很难看。然而，在某些情况下，这种风格可能比 LaTeX 风格的演示文稿更受欢迎。

【讨论】：

我无法在 RStudio 中运行最后一个命令。我试过system("wkhtmltopdf temp.html temp.pdf") 知道如何解决这个问题