在 cytoscape 网络中映射节点大小并添加图例

Question

我在 python 中使用 networkx 包构建了多个网络，每个网络代表一个生物实验。然后我将这些网络导出为 gml 文件，以便在 cytoscape 中可视化并进行比较。在每个文件中，我有两个节点属性——即计数和颜色。在 cytoscape 中，我将节点大小分配给它的计数。但是，节点数之间存在巨大差异，例如，一些节点的计数为 100，而另一些节点的计数为 50,000。我想将所有 cytoscape 网络中所有节点的大小映射到一个比例，并且还有一个指示相对大小的图例。下图右侧显示了一个示例！我希望你能帮助我！

Image source

Answer 1

问题第一部分的答案是构造一个 log(count) 列。这应该给你一个更好的范围来映射到节点大小。

在样式控制面板弹出菜单中的“创建图例...”命令中创建图例的最佳“运输”解决方案。这导出了一个图形文件，但没有做足够的工作。我正在开发一个名为 Legend Creator 的应用程序，它将为图例添加注释到画布上。它在 github/cytoscape repo 上正在开发中。