focus_hpc：加快 R 中的栅格分析

Question

我有一个非常大的光栅文件（行数=14810；列数=12392），我想使用“焦点”函数在特定大小的窗口（例如 5像素 X 5 像素）。我曾经在 R（光栅 R 包）中应用“焦点”功能。但是，对于这么大的栅格大小，该函数非常慢。

我知道“spatial.tools”中有一个名为“focal_hpc”的函数可以加速焦点处理（并行）。但是，我不知道如何指定“平均”函数。我使用了以下脚本：

require(raster)
require(spatial.tools)
tahoe_highrez <- brick(system.file("external/tahoe_highrez.tif", package="spatial.tools"))

res<-focal_hpc(x=tahoe_highrez,fun=mean,window_dims=c(5,5))

但它给了我这个错误：

Error in (function (x, ...)  : 
  call to standardGeneric("mean") apparently not from the body of that generic function

有人使用过这个包和功能吗？

Answer 1

嗯。我也是：

> res<-focal_hpc(x=tahoe_highrez,fun=mean,window_dims=c(5,5))
Error in (function (x, ...)  : 
  call to standardGeneric("mean") apparently not from the body of that generic function

但是如果你创建一个做同样事情的函数：

> f = function(...){mean(...)}

它有效...

> res<-focal_hpc(x=tahoe_highrez,fun=f,window_dims=c(5,5))
Warning messages:
1: In .local(x, ...) : min value not known, use setMinMax
2: In .local(x, ...) : max value not known, use setMinMax
3: In .local(x, ...) : min value not known, use setMinMax
> res
class      : RasterBrick 
dimensions : 400, 400, 160000, 1  (nrow, ncol, ncell, nlayers)
resolution : 5.472863e-06, 5.472863e-06  (x, y)
extent     : -119.9328, -119.9306, 39.28922, 39.29141  (xmin, xmax, ymin, ymax)
crs        : +proj=longlat +datum=WGS84 +no_defs +ellps=WGS84 +towgs84=0,0,0 
source     : /tmp/Rtmp2WTR9g/file5f335faf907.grd 
names      : layer 

我怀疑这与通用函数的分派方式有关。制作一个测试栅格以确保我的函数替换正在计算您想要取平均值的事物的平均值，并阅读文档以获取更多为 focal_hpc 编写函数的示例。