R：使用连接和光栅包从 gz 文件中读取 GeoTiff

Question

我想从服务器读取 gzip 压缩的 GeoTIFF 而不下载它。我只是不想创建很多以后必须删除的临时文件。

I see it is possible 与 .csv.gz 文件。

通过下载，我按以下方式进行：

library(raster)
link <- "ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/Degree_Tiles/n000/SRTM_ff03_n000e010
/SRTM_ff03_n000e010.tif.gz"

download.file(link, "test.tif.gz")
gunzip("test.tif.gz")
myras <- raster("test.tif")
plot(myras)

我可以直接从链接中读取未压缩的文件：

link <- "http://download.osgeo.org/geotiff/samples/usgs/o41078a5.tif"
myras <- raster(link)
plot(myras)
myextent <- drawExtent()
plot(myras, ext=myextent)

在这里，我意识到不将其下载到本地存储可能不是一个好主意，因为我假设您随后对 myras 执行的每个操作都需要数据再次通过 Internet 流动。但无论如何，只是为了证明概念，我想这样做。在某些情况下，您只想显示 TIFF 而不对其进行任何进一步的计算，因此不想为其创建临时文件。

要读取（下载的）tiff.gz 文件而不先解压缩，我尝试过：

> raster(gzfile("test.tif.gz"))
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘raster’ for signature ‘"gzfile"’

要通过连接直接从服务器读取tiff.gz 文件，我尝试了以下操作：

> con <- gzcon(url("ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/Degree_Tiles/n000/SRTM_ff03_n000e010/SRTM_ff03_n000e010.tif.gz"))
> raster(con)
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘raster’ for signature ‘"gzcon"’

> raw <- textConnection(readLines(con))
> raster(raw)
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘raster’ for signature ‘"textConnection"’

> rawBin <- textConnection(readBin(con))
Error in readBin(con) : argument "what" is missing, with no default

> con <- gzfile("ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/Degree_Tiles/n000/SRTM_ff03_n000e010/SRTM_ff03_n000e010.tif.gz")
> myras <- raster(con)
Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘raster’ for signature ‘"gzfile"’

我找到了this Stackoverflow question 关于如何读取压缩二进制文件连接的信息，但我不确定 GeoTIFF 是否为二进制（是吗？）以及将哪些参数传递给 readBin() 函数。

我想随意尝试一下，因为我不太了解连接是如何工作的。谁能帮我解决这个问题？

Answer 1

我找到了解决方案，也许你也有。

tiff 包中的函数 readTIFF() 可以从原始向量中读取 tiff 图像。因此，您可以使用readBin() 将您的连接读入原始向量，然后使用readTiff() 读取该原始向量。

# create connection to a gz file
con <- gzfile("test.tif.gz", open = "rb")

# read data from this connection into a raw vector
myras.raw <- readBin(con, what = "raw", n = 1e10)

# read this raw vector
myras <- readTIFF(myras.raw)

我希望这可以帮助:)

Answer 2

另一个解决方案是底层 GDAL 库提供一些特定的“虚拟”文件系统，允许读取压缩和/或远程资源。

https://gdal.org/user/virtual_file_systems.html

raster 命令支持这些，基本上将提供的文件路径直接传递给 GDAL 以读取数据。所以你应该可以使用以下直接加载数据。

library(raster)
link <- "/vsigzip//vsicurl/ftp://ftp.glcf.umd.edu/glcf/SRTM/Degree_Tiles/n000/SRTM_ff03_n000e010
/SRTM_ff03_n000e010.tif.gz"