好的，现在我看到了您的编辑，这使得回答具体问题成为可能。
如果您想使用 Android NDK 构建您的原生库，您必须至少有一个 Android.mk 文件用于您的应用程序。不过，这不是一个要求。可以通过 Cmake，或带有“传统”makefile 的“独立工具链”，或使用 MS Visual Studio 插件，或任何其他方式来构建它。重要的是结果。结果是使用兼容编译器为仿生运行时构建的共享对象。
将库放在${project_root}/libs/armeabi/ 目录（对于 ARM v6 兼容设备，x86、MIPS、arm v7a 的其他子目录）以允许 APK 构建器正确打包它，以允许应用安装程序解包正确版本（与设备处理器兼容）到设备上的/data/data/${package_name}/lib 目录中，最终能够使用System.loadLibrary(short_name) 从Java 中使用它。但也可以以不同的方式打包so 文件，手动解压，然后从设备文件系统上的任何位置加载（前提是您的应用有权写入和读取此文件）。
但如果我们过滤掉特殊情况，在${project_root}/jni 目录中放置一个Android.mk 会更舒服。在ndk-build 命令方面，每个库都是一个单独的 MODULE，但三个都可以定义在一个 Android.mk 文件中。另一方面，如果您的库是独立的（例如来自不同的第 3 方），您可能更愿意创建三个 Android.mk 文件。幸运的是，ndk-build 只不过是 gnu make 的一个包装器，Android.mk 中的简单 include 语句与任何其他 makefile 一样工作。
总而言之，您的案例可能包含在一个简单的Applications/MyApplication/ [Application]/jni/Android.mk 文件中：
include ../../Libraries/libOne/Android.mk
include ../../Libraries/libTwo/Android.mk
include ../../Libraries/libThree/Android.mk
我不知道你在 libOne 和 libTwo 之间有什么依赖关系，但是对于 libOne，文件 Libraries/libOne/Android.mk 看起来像
LOCAL_PATH = $(call my-dir)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE := libOne
LOCAL_SRC_FILES := first.c
include $(BUILD_STATIC_LIBRARY)
和Libraries/libThree/Android.mk
LOCAL_PATH = $(call my-dir)
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE := libThree
LOCAL_SRC_FILES := third.c
LOCAL_C_INCLUDES := $(LOCAL_PATH)/../libOne $(LOCAL_PATH)/../libTwo
LOCAL_STATIC_LIBRARIES := libOne libTwo
include $(BUILD_SHARED_LIBRARY)
您应该从 Applications/MyApplication/ [Application] 目录运行 ndk-build - 从命令提示符或通过 Eclipse ADT 插件。
更新同样可以用jni目录下的一个Android.mk文件来表示：
LOCAL_PATH = ../../Libraries/libOne
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE := libOne
LOCAL_SRC_FILES := first.c
include $(BUILD_STATIC_LIBRARY)
LOCAL_PATH = ../../Libraries/libThree
include $(CLEAR_VARS)
LOCAL_MODULE := libThree
LOCAL_SRC_FILES := third.c
LOCAL_C_INCLUDES := $(LOCAL_PATH)/../libOne $(LOCAL_PATH)/../libTwo
LOCAL_STATIC_LIBRARIES := libOne libTwo
include $(BUILD_SHARED_LIBRARY)