在 R 中编写函数以使用 pROC 绘制 ROC 曲线

Question

我正在尝试编写一个函数来根据不同的评分系统绘制 ROC 曲线，我必须预测结果。

我有一个数据框 data_all，其中包含“score_1”和“Threshold.2000”列。我根据需要生成 ROC 曲线：

plot.roc(data_all$Threshold.2000, data_all$score_1)

我的目标是为许多不同的结果（例如 Threshold.1000）和分数（score_1、score_2 等）生成 ROC 曲线，但我最初试图为不同的分数设置它。我的功能如下：

roc_plot <- function(dataframe_of_interest, score_of_interest) {
plot.roc(dataframe_of_interest$Threshold.2000, dataframe_of_interest$score_of_interest)}

我收到以下错误： roc.default(x, predictor, plot = TRUE, ...) : 未提供有效数据。

如果有人能找出我的功能不起作用的原因，我将不胜感激！我是一名 python 编码员，对 R 来说是新人，但尝试了许多不同的事情并没有太多运气。非常感谢。

编辑： 这是与 mtcars 相同的示例，因此可以重现：

data(mtcars)
plot.roc(mtcars$vs, mtcars$mpg) # --> makes correct graph
roc_plot <- function(dataframe_of_interest, score_of_interest) {
plot.roc(dataframe_of_interest$mpg, dataframe_of_interest$score_of_interest)}

结果： roc.default(x, predictor, plot = TRUE, ...) 中的错误：未提供有效数据。 roc_plot(mtcars, vs)

Answer 1

这是一种可以按需要工作的解决方案（即让用户为score_of_interest 指定不同的值）：

library(pROC)
data(mtcars)

plot.roc(mtcars$vs, mtcars$mpg) # --> makes correct graph

# expects `score_of_interest` to be a string!!!
roc_plot <- function(dataframe_of_interest, score_of_interest) {
    plot.roc(dataframe_of_interest$vs, dataframe_of_interest[, score_of_interest])
}

roc_plot(mtcars, 'mpg')
roc_plot(mtcars, 'cyl')

请注意，您的错误不是由不正确的列名引起的，而是由不正确地使用 data.frame 类引起的。注意一个更简单的函数会发生什么：

foo <- function(x, col_name) {
    head(x$col_name)
}
foo(mtcars, mpg)
## NULL

这将返回 NULL。因此，在您的原始函数中，当您尝试为 plot.roc 提供 dataframe_of_interest$score_of_interest 时，您实际上是在喂 plot.roc 和 NULL。

当 data.frame 存储在对象中时，有几种方法可以通过列名从列名中提取列（当您将其作为参数传递给函数时，您正在执行此操作）。也许最简单的方法是记住data.frame 就像一个二维数组类型对象，因此我们可以使用熟悉的object[i, j] 语法，但我们要求所有行并按名称指定列，例如mtcars[, 'mpg'] .如果我们将字符串 'mpg' 分配给一个对象，这仍然有效：

x <- 'mpg'
mtcars[, x]

这就是我提出解决方案的方式。更进一步，不难想象如何同时提供score_of_interest 和threshold_of_interest：

roc_plot2 <- function(dataframe_of_interest, threshold_of_interest, score_of_interest) {
    plot.roc(dataframe_of_interest[, threshold_of_interest], 
             dataframe_of_interest[, score_of_interest])
}

roc_plot2(mtcars, 'vs', 'mpg')