使用 NIfTI_tools 后 NIfTI 空间位置/方向发生变化

Question

我正在使用特定的工具箱 (Tools for NIfTI and Analyze image) 通过 MATLAB 处理 NIfTI 文件，但是当我进行简单的值修改时，与图像关联的空间信息会以某种方式发生变化。我不能直接比较之前和之后的图像，因为它们有不同的来源和/或一些轻微的翻译。我没有（故意）修改 NIfTI 标头信息。其实我只用了三个命令：

matlab_nii = load_nii('original.nii');
matlab_nii.img(matlab.nii.img > 10) = NaN;
save_nii(matlab_nii, 'new.nii');

尽管没有编辑任何标题信息，只是直接修改图像值，但新的 NIfTI 文件具有不同的空间属性，因此无法直接与原始文件进行比较，以验证确实进行了修改。

我希望有人使用过这些工具并遇到过这个问题。

Answer 1

在this 关于 NIfTI/MATLAB 的问题的答案之一中找到了解决方案。

答案是使用load_untouch_nii 代替load_nii 和save_untouch_nii 代替save_nii。

我最初使用的函数会将仿射变换数据（如果存在，显然它确实存在）应用于图像。使用这些函数会导致体素之间的直接空间关联。