【问题标题】:R session crash when using ggplot2 to color geom_point by factor in OSX 10.9.5 (R 3.1.2)在 OSX 10.9.5 (R 3.1.2) 中使用 ggplot2 按因子为 geom_point 着色时,R 会话崩溃
【发布时间】:2014-11-06 21:12:29
【问题描述】:

我刚刚下载了 R 3.1.2 的新版本,现在正在努力解决使用 ggplot2 时发生的崩溃问题。我下载了 R-3.1.2-mavericks.pkg 并且正在运行 OS X 10.9.5。我也在 R Studio(版本 0.98.501)中工作。

我正在使用如下所示的数据框 MCbyrep2:

MCbyrep2 <- data.frame("Stn" = c(rep(10,3), rep(18,3), rep(2,3)),
                       "Substrate" = (rep(c("lam","pul","xyl"), 3)),
                       "TN" = c(rep(3.605, 3), rep(6.39, 3), rep(8.87, 3)),
                       "kcRate" = c(8.36, 1.64, 3.11, 10.85, 0, 0, 3.93, 1.56, 0))

其中 Stn 和 Substrate 是因子,TN 和 kcRate 是连续数值变量。

我正在尝试在ggplot2 中绘制 TN 与 kcRate。当我使用此代码将点着色为“深绿色”时,这工作得很好:

TN <- ggplot(data = MCbyrep2, aes(x = TN, y = kcRate)) + geom_point(color = "dark green") 
TN

但是当我尝试使用下面的代码通过 Stn 为点着色时,这会导致 R 崩溃。

TN <- ggplot(data = MCbyrep2, aes(x = TN, y = kcRate)) + geom_point(aes(color = Stn))
TN

什么可能导致此崩溃?我尝试删除并重新安装 ggplot2(以及 reshape2plyr)包,但无济于事。

【问题讨论】:

  • 如果使用因子(Stn)会怎样?
  • 不走运,同样的崩溃。和类(MCbyrep2$Stn)=>“因素”。
  • 您说数据看起来像这样,所以您的意思是您使用的数据框与示例中的不同?您使用的是新的 r 会话还是 --vanilla?只加载了 ggplot?
  • 我发布了一个原始数据的最小示例,但使用发布的数据框也遇到了同样的问题。我尝试使用新的 R 会话运行此代码几次,首先加载库(ggplot2),同样的问题。
  • 刚刚尝试在 R 控制台和终端(而不是 R Studio)中运行此代码,我想也许我可以更新 R Studio,但仍然崩溃。

标签: r macos ggplot2 crash


【解决方案1】:

完全卸载并重新安装,否则 R 和 R Studio 工作正常。

使用终端命令 rm -rf /Library/Frameworks/R.framework /Applications/R.app \ 卸载 R /usr/bin/R /usr/bin/Rscript.

我这次安装的是 R 版本 R-3.1.2-snowleopard.pkg 而不是 R-3.1.2-mavericks.pkg,所以我不确定是更改版本还是卸载解决了问题.

【讨论】:

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