R：处理有时会导致 R 会话崩溃的函数？答案

【问题标题】：R: Dealing with functions that sometimes crash the R session?R：处理有时会导致 R 会话崩溃的函数？
【发布时间】：2013-04-07 17:38:23
【问题描述】：

有一个 R 函数（我们称之为 MyFunction ）有时会导致 R 会话崩溃，但大多数时候它不会。必须以顺序的方式将此函数应用于大量对象。

for(i in 1:nrow(objects))
{
     result[i] <- MyFunction(objects[i]);
}

我来自 C# 背景 - 其中函数很少会导致“会话”崩溃，程序员通常会在 try - catch 块中包围此类函数调用。但是，在 R 中，我已经看到一些函数只会使会话崩溃，而使用 tryCatch 并没有帮助，因为该函数不会导致异常，而是会导致整个会话崩溃；-)

只是想知道“捕捉”崩溃的最佳方法是什么。我正在考虑编写一个 Python 脚本，从 Python 调用 R 函数（通过其中一个 R-Python 连接器）并在 Python 中捕获 R 崩溃。这行得通吗？
有什么建议吗？

干杯！

【问题讨论】：

您能否提供一些导致会话崩溃的函数示例？根据我的经验，它们非常罕见，通常（总是？）由于 R、R 包或 R 会话链接的外部程序中的错误。
正如@JoshO'Brien 所说，崩溃是一个错误。尝试重现错误，否则您将无法解决问题。另一个建议，如果您有一些警告，请尝试解决它们。
我明白了。但是，函数 MyFunction 来自一些同事，假设他们对此非常有占有欲，他们将函数的“输入”归咎于崩溃的原因（他们说这是因为输入错误/ 低质量）。然而，除了这个功能，我曾经设法通过 sqldf 包设置了一个 SQL 查询，它确实使 R 会话完全崩溃并且我可以复制。
我应该补充一点，大多数软件维护人员都想知道导致他们的软件崩溃的错误。不了解您的同事，但 sqldf 维护人员可能会喜欢包含使会话崩溃的可重现示例的错误报告。报告此类事情是 OSS 用户回馈社区的一种方式。
在MyFunction 周围写一个临时包装器，在调用函数之前将输入保存到文件中。崩溃后，启动一个新会话并加载那些“坏”输入。当您可以通过“差/低质量”确定您的同事的意思时（它可能是需要整数的数字数据、数据中的共线性等），开始编写一个高级包装器来检查这些条件和通过stop 优雅地清理数据或错误。这就是我处理至少两个 R 包在太多情况下崩溃的方式：glpkAPI 和 geometry。

标签： r exception crash

【解决方案1】：

使用并行包中的mcparallel 函数在分叉进程中运行该函数。这样，如果 R 崩溃了，只有子进程崩溃，并且向主进程返回错误。如果您想将此功能应用于大量对象并将结果收集到列表中，请使用mclapply

【讨论】：

【解决方案2】：

您好，根据我的经验，这种行为非常罕见。您可能不知道有一个调试器可以帮助您一步一步地完成您的功能。

install.packages('debug') #install the debug package
library(debug)
mtrace(myFunctionToBeDebuged) #this function will start the debuger
mtrace(myFunctionToBeDebuged, FALSE) #to stop the function to be traced

注意：当您在调试器中时，如果您想退出它，请执行qqq()

【讨论】：

调试器功能似乎不适用于使用 apply 系列的功能。你想知道可以用什么代替吗，谢谢