如何确定给定 ROI 的像素数量？

Question

我编写了一个小程序，为我提供有关使用“分析粒子...”找到的 ROI 的某些信息。不幸的是，我需要有关每个 ROI 像素数量的信息。当我在此插件之前不使用“设置比例”时，我可能会通过区域输出获得像素数量。但是为了进一步计算之前的“设置比例”是需要的。使用“分析粒子...”后是否有可能提取每个 ROI 的像素数量。我只在 java 中发现了这种可能性（对于我作为 python 的初学者来说几乎不可读）http://imagej.nih.gov/ij/plugins/download/Calculate_Mean.java 并且它似乎是计算密集型的。提前谢谢你。

import math

row = 0

IJ.run("Set Measurements...", "area centroid perimeter shape feret's area_fraction   redirect=None decimal=6")
IJ.run("Analyze Particles...")
rt = ResultsTable.getResultsTable()

for roi in RoiManager.getInstance().getRoisAsArray():
  a = rt.getValue("Feret", row)
  b = rt.getValue("MinFeret", row)
  nu= 1
  L = 1
  p = 1
  sapf = (math.pi/4) * (1/(nu*L)) * math.pow(a, 3) * math.pow(b, 3) / (math.pow(a, 2) + math.pow(a, 2))*p
  rt.setValue("ROI no.", row, row + 1)
  rt.setValue("Sapflow", row, sapf)
  row = row + 1
rt.show("Results") 

Answer 1

（一般来说，与 ImageJ 内部结构而非编程语言相关的问题应发送至 ImageJ mailing list。这将确保大多数 ImageJ 专家用户和开发人员都能阅读您的问题，而不仅仅是几个 stackoverflow.com 爱好者。）

1. 您可以使用calibration 信息来计算该区域的像素数：

   像素数 = 总面积 / 像素面积

2. 您可以使用ImageStatistics.getStatistics() 方法获取当前ROI 的pixelCount 值。

   添加几行代码后，您的代码如下所示：

   import math
   
   row = 0
   
   IJ.run("Set Measurements...", "area centroid perimeter shape feret's area_fraction   redirect=None decimal=6")
   IJ.run("Analyze Particles...")
   rt = ResultsTable.getResultsTable()
   
   imp = IJ.getImage()
   ip = imp.getProcessor()
   
   for roi in RoiManager.getInstance().getRoisAsArray():
     a = rt.getValue("Feret", row)
     b = rt.getValue("MinFeret", row)
     nu= 1
     L = 1
     p = 1
     sapf = (math.pi/4) * (1/(nu*L)) * math.pow(a, 3) * math.pow(b, 3) / (math.pow(a, 2) + math.pow(a, 2))*p
     rt.setValue("ROI no.", row, row + 1)
     rt.setValue("Sapflow", row, sapf)
   
     ip.setRoi(roi)
     stats = ImageStatistics.getStatistics(ip, Measurements.AREA, None)
     rt.setValue("Pixel count", row, stats.pixelCount)
   
     row = row + 1
   rt.show("Results")
   

希望对您有所帮助。