“制作二进制”在单个图像和堆栈之间切换背景答案

【问题标题】："Make Binary" switches background between single image and stack“制作二进制”在单个图像和堆栈之间切换背景
【发布时间】：2015-12-21 15:06:47
【问题描述】：

我正在 imagej 中构建一个插件，它将在进行分析之前对图像进行一些预处理。我希望这个插件可以在单个图像和堆栈上运行。到目前为止，这是我的插件代码示例：

import ij.*;
import ij.process.*;
import ij.gui.*;
import java.awt.*;
import ij.plugin.*;



public class My_Analysis implements PlugIn {

    public void run(String arg) {

        ImagePlus imp = IJ.getImage();
        IJ.run(imp, "Find Edges", "stack");
        Prefs.blackBackground = true;
        IJ.run(imp, "Make Binary", "stack");
        IJ.run(imp, "Erode", "stack");
    }
}

在那之后还有更多，但这只是参考分析，我认为这无关紧要。另外，我在代码前面有一个GenericDialog，但也认为它不相关，不想让示例陷入困境。当然，如果有人认为有必要，我可以全部包含在内。

我的问题是这在单个图像上效果很好，但是 Make Binary 会反转堆栈上的黑色/白色。我敢打赌我可以简单地将 Prefs.blackBackground 切换为 false 并且可以修复它，但是它不适用于单个图像。

另一条信息是，如果我从 Make Binary 行中取出“堆栈”，它会弹出一个对话框，提示我选择几个选项，其中一个是背景是否为黑色。如果我确实选择了这个选项，它会正确执行 Make Binary，但不会将其应用于整个堆栈或其他东西，因为我最终只分析第一个图像和堆栈中的其余图像看起来很奇怪。

任何帮助将不胜感激。非常感谢。

【问题讨论】：

标签： java plugins imagej

【解决方案1】：

我同意 ImageJ1.x 的这种行为是不一致的。我不确定它是否有意，但请随时在ImageJ forum 或mailing list 上报告它，因此它可能会得到修复。

另一条信息是，如果我将“堆栈”从 Make Binary line，它会弹出一个对话框，提示我选择几个选项，其中一个是背景是否是黑色。

这确实是一个可行的解决方案的路径：只需添加关键字black 以重现脚本或宏中的行为，例如这个 Groovy 脚本在单个图像和堆栈上运行相同：

import ij.IJ;
import ij.ImagePlus;
import ij.Prefs;

ImagePlus imp = IJ.getImage();
IJ.run(imp, "Find Edges", "stack");
Prefs.blackBackground = true;
IJ.run(imp, "Make Binary", "stack black"); // this line changed
IJ.run(imp, "Erode", "stack");

您可以通过使用Macro recorder 并在堆栈上运行Process > Binary > Make binary 来获得所需的关键字。

【讨论】：