ImageJ：使用生物格式进行调试答案

【问题标题】：ImageJ: Debug with bioformatsImageJ：使用生物格式进行调试
【发布时间】：2016-09-01 17:26:30
【问题描述】：

我已经下载了 imageJ 源并导入了 Eclipse。目前，我正在为 imageJ 开发一个插件，如果需要，我可以使用我的插件从 eclipse 运行 imageJ 并进行调试。我的问题是我希望从 Eclipse 中初始化 imageJ，但加载了 bioformats reader plugin，这样我就可以打开 .lif 文件了。如何将此插件引入 imageJ 源代码？我曾尝试在我的项目中将依赖项添加到 bioformats 的 .jar 文件中，但它不起作用。

【问题讨论】：

标签： eclipse plugins imagej

【解决方案1】：

不要复制源文件，也不要复制 JAR 文件。您应该管理您的项目依赖项using Maven 或类似的 21 世纪构建工具（Gradle 也有效）。根据需要添加对 net.imagej:ij 和 ome:formats-gpl 以及其他 Bio-Formats 工件的依赖项。

另见：

ImageJ wiki 的 Development page。
minimal-ij1-plugin example

【讨论】：

【解决方案2】：

只针对那些正在研究同样问题的人：

全部源代码下载：https://github.com/openmicroscopy/bioformats
将文件夹：bioformats-develop\components\bio-formats-plugins\src 复制到您的项目中。
将 loci.plugins.LociImporter.java 复制到 ij.plugin。
删除 loci.plugins.LociImporter.java

修改ij.plugin.LociImporter.java，添加arg这一行：

 public void run(String arg) {
     DebugTools.enableLogging("INFO");
     arg = "location=[Local machine] windowless=false "; //<-This one
     [...]
 }

修改 loci.plugins.in.Importer.java：

//import loci.plugins.LociImporter;//substitute this import per
  import ij.plugin.LociImporter;//this one

修改ij.Menus.java：

[...]
Menu importMenu = getMenu("File>Import", true); 
addPlugInItem(importMenu, "Bio-Formats", "ij.plugin.LociImporter",0,false);  //<-Add this line
[...]

将bioformats.jar 作为外部库添加到项目中。

运行项目。现在您可以从 file->import->Bio-Formats 打开 .lif。通过此修改，您将无法进行拖放，但您将能够使用此插件，只需使用此菜单打开文件。由于这仅使用“导入”，因此仅对打开有用。如果你想要一些关于保存的东西，你应该调用 loci.plugins.LociExporter("") ，就像我为导入所做的那样。（实际上通过我的修改我们调用了 ij.plugin.LociImporter("location=[Local machine] windowless=false ")

【讨论】：