在命令提示符下用 imagej 打开一个 raw答案

【问题标题】：opening a raw with imagej in command prompt在命令提示符下用 imagej 打开一个 raw
【发布时间】：2013-08-09 20:39:39
【问题描述】：

我正在尝试创建一个 .bat 文件来读取 .bsv 文件并将它们转换为彩色 png。第一部分是使用 imagej 打开 .bsv，然后使用我添加的“全部保存”插件。我尝试制作一个宏，但它只会给我错误。我将如何在命令提示符下使用图像 j 执行以下操作：

文件->导入->原始->myfile.bsv 并选择 8 位，宽度：4000，高度：2672，到第一张图像的偏移量：0，图像数量：40，图像之间的间隙：0，little-endian 字节顺序。

然后

插件->全部保存

感谢您提供的任何帮助！

【问题讨论】：

Stack Overflow 是一个面向专业和爱好者程序员的问答网站。问题必须表明对要解决的问题的基本了解。告诉我们您尝试过什么，为什么它不起作用，以及它应该如何起作用。另见：Stack Overflow question checklist.
我很抱歉未能证明我的努力@Endoro。但是，我已经广泛尝试构建这个 .bat 文件。我尝试制作一个宏（实际上是几个）并使用命令代码“-macro nameofMacro.ijm”和“-batch nameofMacro.ijm”。我还阅读了有关通过命令提示符运行 inage j 的内容，并尝试了一些方法，但找不到任何用于导入 .raw 数据的 imagej 命令。我已经构建了 .bat 文件的其余部分（在保存灰度图像后，我必须全部修改它们并将它们发送到其他程序）我只需要这部分的帮助。如果您取消您的反对票，我们将不胜感激！
该软件的命令行文档在这里：rsbweb.nih.gov/ij/docs/guide/146-18.html
@576i，我已经读过了。正如我在评论中提到的，我尝试了宏命令，但它们不起作用。并且菜单项的“运行”命令可以指定原始数据的数据输入

【解决方案1】：

在 ImageJ 中使用 macro recorder（插件 > 宏 > 记录...），您描述的过程会生成以下代码：

run("Raw...", "open=/path/to/myfile.bsv image=8-bit width=4000 height=2672 offset=0 number=40 gap=0 little-endian");
run("Save All");

如果您保存此宏文件，例如作为 mymacro.ijm，您应该能够使用这样的宏选项运行 ImageJ（取决于您的平台）：

-macro mymacro.ijm

希望对您有所帮助。

【讨论】：

这就是我一直在做的，但它似乎不起作用。它只是说：'-macro' 不是内部或外部命令、可运行程序或批处理文件。
你试过java -jar ij.jar -macro mymacro.ijm吗？或者，您可以尝试Fiji 分发，它为每个平台提供了方便的启动器。
返回“错误：无法访问 jarfile ij.jar
确保在 ij.jar 所在的同一文件夹中运行该命令，或者提供 ij.jar 的完整路径。如果您使用的是斐济，只需使用fiji-win32 mymacro.ijm（或根据您的平台调整启动器名称）。