如何保存多个摘要文件批处理宏 imageJ答案

【问题标题】：how to save multiple summary files batch process macro imageJ如何保存多个摘要文件批处理宏 imageJ
【发布时间】：2017-09-15 19:12:39
【问题描述】：

我对 imageJ 中的批量图像处理非常陌生。我有一个宏，允许我在一个目录中处理多个图像。问题是宏会为每个处理过的图像生成一个单独的摘要窗口，让我手动将所有输出数据编译成单个 .csv 或 .xls。我希望所有汇总数据都自动编译到一个文件中。虽然我找到了几个显示如何做到这一点的来源，但它对我的情况并不是特别有帮助。

如果您能提供帮助，我将不胜感激。

下面是代码的缩略示例：

        dir1 = getDirectory("Choose Source Directory ");
        dir2 = getDirectory("Choose Destination directory");
        list = getFileList(dir1);

        setBatchMode(true);

        for (i=0; i<list.length; i++){
        print (list[i]);
        open(dir1+list[i]);
        name=File.nameWithoutExtension;
        //Prepare the image by removing any scale and making 8-bit
       run("Set Scale...", "distance=237.3933 known=1 pixel=1 unit=cm 
       global");            

        makeRectangle(4068, 5940, 1572, 1320);
        run("Crop");
        // Convert the image into RGB channels for proper thresholding
        run("RGB Stack");
        setSlice(3);
        //Threshold
        setAutoThreshold("Default");
        // Analyze particles
        // Provides total area of number of cotyledons in image
        run("Analyze Particles...", "size=60-Infinity pixel display include 
        summarize");
        run("Revert");
 }
 //Save the results
 selectWindow("Summary");
 saveAs("Results", dir2+"Results.xls");

【问题讨论】：

标签： macros analysis imagej

【解决方案1】：

在我的测试中（在 macOS 10.12.6 上使用 ImageJ 2.0.0-rc-61/1.51n），重复执行分析粒子并选中汇总选项会将摘要附加到现有的摘要窗口，然后可以将其另存为最后一个文件。

例如，以下宏生成两个摘要行，然后将它们保存：

setBatchMode(true);
run("Blobs (25K)");
setAutoThreshold("Default");
run("Analyze Particles...", "size=60-Infinity pixel display include summarize");
run("Boats (356K)");
setAutoThreshold("Default");
run("Analyze Particles...", "size=60-Infinity pixel display include summarize");
selectWindow("Summary");
saveAs("Results", "/Users/curtis/Desktop/Results.xls");

【讨论】：