ImageJ：同时分析不同 ROI 中的粒子答案

【问题标题】：ImageJ: Analyze particles in different ROI at the same timeImageJ：同时分析不同 ROI 中的粒子
【发布时间】：2014-01-22 19:40:36
【问题描述】：

我正在测量不同年轮（树木；树木年代学）中的血管面积。我用大约 20 个年轮拍摄了高质量的照片。每个年轮都是我的投资回报率。

我将图像裁剪成 20 个较小的图像，每个年轮都是一个图像。我打开每张图像，将其设置为阈值并使用功能：分析粒子。

但是，如果我可以使用带有 20 个环的原始图像，那么耗时会少得多；我将通过定义 ROI 来分隔每个年轮，并在 2012 年、2011 年、2010 年之前标记每个 ROI……在我对图像进行阈值处理并使用函数分析粒子之后。在我的结果表中，我将分别获得每个年轮的每个血管的血管腔面积。

问题是：是否可以使用 ROI Manager 并设置更多的 ROI 并分析其中的粒子。

非常感谢您的宝贵时间。

杰尔尼

【问题讨论】：

标签： imagej

【解决方案1】：

使用ROI Manager 存储您的投资回报率。然后使用ImageJ macro language 及其内置的roiManager functions 循环遍历所有ROI。通过 Plugins > Macros > Record... 记录您的分析以获取相关的宏命令。

这是一个例子：

id = getImageID();
setAutoThreshold("Default");
for (i=0 ; i<roiManager("count"); i++) {
    selectImage(id);
    roiManager("select", i);
    run("Analyze Particles...", "size=0-Infinity circularity=0.00-1.00 show=Masks clear");
}

要回答您在另一个答案中发布的其他问题：

您可以使用 Roi.getName() 获取当前 ROI 的名称，您可以使用它来命名结果文件：
```
current = Roi.getName();
saveAs("Results", "/path/to/results/Results_" + current + ".txt");
```
或者，您可以通过在 Analyze > Set Measurements... 对话框中选中 Display label 在结果的每一行中包含当前 ROI 名称，从而生成一个类似这样的宏命令：
```
run("Set Measurements...", "area display redirect=None decimal=3");
```

在发布与 ImageJ 宏相关的任何新问题之前，请参阅 macro language documentation 和 ImageJ mailing list archives。

【讨论】：

非常感谢您的帮助。明天我会咬这个宏。我相信这很容易，但我没有太多编程经验。但我相信它会起作用。