为 R 中的 tbl_summary 函数的 gtsummary 包中的分类和连续变量设置主题答案

【问题标题】：Set theme for categorical and continuous variables in gtsummary package for tbl_summary function in R为 R 中的 tbl_summary 函数的 gtsummary 包中的分类和连续变量设置主题
【发布时间】：2020-10-25 20:13:02
【问题描述】：

我对@987654321@ 包以及如何设置默认主题有疑问：

DF：

library(tidyverse)
library(gtsummary)
library(gapminder)

gap <- gapminder %>% 
  dplyr::mutate_all(~ifelse(
    sample(c(TRUE, FALSE), size = length(.), replace = TRUE, prob = c(0.8, 0.2)),
    as.character(.), 
    NA)
  ) %>% 
  dplyr::mutate_at(vars(year:gdpPercap), ~as.numeric(.)
  ) 

my_theme <-   
  list(
    "tbl_summary-str:default_con_type" = "continuous2",
    "tbl_summary-str:continuous_stat" = c("{median} ({p25} - {p75})",
                                          "{mean} ({sd})", 
                                          "{min} - {max}",
                                          "{N_miss} ({p_miss}%)"),
    "tbl_summary-str:categorical_stat" = "{n} / {N} ({p}%)",
    "style_number-arg:big.mark" = ""
  )

gtsummary::set_gtsummary_theme(my_theme)

gap[, -1] %>% 
  gtsummary::tbl_summary(
    
    # remove default missing values because we specified them in 
    # the theme above already
    missing = "no"
  )

当我将大洲作为分类变量包含在内并且不显示包含大洲汇总统计数据的表格时，上面给出了一个错误。我是否必须在 tbl_summary 函数中指定一些参数，还是必须在主题函数中添加/删除一些参数？谢谢！

【问题讨论】：

标签： r gtsummary

【解决方案1】：

非常感谢您报告此意外行为。这确实是个bug，已经在dev版中修复了（可以从github安装）。

remotes::install_github("ddsjoberg/gtsummary", quiet = TRUE)
library(gtsummary)
packageVersion("gtsummary")
#> [1] '1.3.5.9003'

my_theme <-   
  list(
    "tbl_summary-str:default_con_type" = "continuous2",
    "tbl_summary-str:continuous_stat" = c("{median} ({p25} - {p75})", "{mean} ({sd})"),
    "tbl_summary-str:categorical_stat" = "{n} / {N} ({p}%)"
  )

set_gtsummary_theme(my_theme)

tbl <-
  gapminder::gapminder[, 2:3] %>% 
  tbl_summary()

^{由reprex package (v0.3.0) 于 2020 年 10 月 25 日创建}

【讨论】：