【问题标题】:pandoc error when attempting to render site尝试呈现站点时出现 pandoc 错误
【发布时间】:2020-06-23 11:51:58
【问题描述】:

我正在尝试使用 R(不是 R Studio,我们的集群只有基本 R)在 Linux 上使用 rmarkdown / bookdown 呈现站点。

有人告诉我 pandoc 已安装在集群上,应该可以按预期工作。确实,它似乎已安装。

当我尝试呈现我的网站或单个页面时,我收到错误消息:

/usr/bin/pandoc +RTS -K512m -RTS 01_GettingStarted.utf8.md --to html4 --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output 01_GettingStarted.html --email-obfuscation none --bibliography ./DNAmArray.bib --standalone --section-divs --table-of-contents --toc-depth 2 --variable toc_float=1 --variable toc_selectors=h1,h2 --variable toc_collapsed=1 --variable toc_smooth_scroll=1 --variable toc_print=1 --template library/rmarkdown/rmd/h/default.html --highlight-style kate --css style.css --include-before-body /tmp/RtmpLe2AMT/rmarkdown-strff91562ed9d94.html --variable navbar=1 --variable body_padding=54 --variable header_padding=59 --variable 'theme:lumen' --include-in-header /tmp/RtmpLe2AMT/rmarkdown-strff91573dd14db.html --mathjax --variable 'mathjax-url:https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-AMS-MML_HTMLorMML' --lua-filter /library/rmarkdown/rmd/lua/pagebreak.lua --lua-filter /library/rmarkdown/rmd/lua/latex-div.lua

运行过滤器 pandoc-citeproc 时出错:

找不到可执行的 pandoc-citeproc

错误:pandoc 文档转换失败,错误 83

任何帮助将不胜感激。我似乎无法弄清楚错误的含义或安装 pandoc 时为什么会失败。

【问题讨论】:

    标签: r r-markdown pandoc bookdown pandoc-citeproc


    【解决方案1】:

    正如错误消息所说,您没有安装pandoc-citeproc。您需要pandoc-citeproc 来处理参考书目。

    【讨论】:

    • 感谢您的回答。我的集群的维护者说他已经安装了 pandoc 和 pandoc-citeproc。这个错误是否意味着事实并非如此?我无法在集群上执行 sudo,有什么方法可以自己安装吗?
    • Could not find executable pandoc-citeproc 行表明您的集群上未安装 pandoc-citeproc,您需要通过技术支持解决此问题(我不知道有任何选项不需要 sudo 访问权限)。考虑尝试在本地 linux 安装上构建文档并测试问题是否真的是由缺少 pandoc-citeproc 引起的。如果安装 pandoc-citeproc 可以解决问题,也请考虑接受并关闭它。
    • 确实是pandoc-citeproc没有安装造成的。以前,我将本地 pandoc 和 pandoc-citeproc 可执行文件转移到集群中,并将 Sys.setenv RSTUDIO_PANDOC 转移到 R 中的这个文件夹中。但是,这不再起作用了。在我解决这个问题之前的最后两个问题:(1)您知道为什么将可执行文件传输到集群并设置此变量不再起作用吗? (2) 如果 pandoc-citeproc 没有安装,还有其他方法可以在我的站点中使用参考书目吗?提前感谢您的帮助。
    • 关于您的问题: 1) 在此处或在 linux/unix (unix.stackexchange.com) 下创建一个新问题,我没有这样的经验/知识。 2)我认为最好的解决方案是让您的技术支持来安装 pandoc-citeproc。否则我不知道任何其他选项,请查看手册。 pandoc.org/index.html
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