处理 awk 结果除以零内的变量答案

【问题标题】：Dealing with variable inside awk result division by zero处理 awk 结果除以零内的变量
【发布时间】：2019-01-08 08:33:36
【问题描述】：

我正在用awk写一个简单的shell命令，如下：

input_folder='/home/Desktop/files'
results_folder='/home/results'

for entry in $input_folder/*
do

re=$(samtools view -H $entry | grep -P '^@SQ' | cut -f 3 -d ':' | awk '{sum+=$1} END {print sum}')

echo -e "$(samtools depth $entry | awk '{sum+=$3} END { print $(sum/$re)}')\t/$entry" >> $results_folder/Results.txt

done

变量re 中的结果是一个数字，但是将re 的结果用于第二个命令print $(sum/$re)}' 给我这个错误 awk: cmd. line:1: (FILENAME=- FNR=312843568) fatal: division by zero attempted

我试着不把$和变量放在一起，但同样的错误。

请问有什么帮助吗？

【问题讨论】：

标签： shell awk fatal-error division divide-by-zero

【解决方案1】：

将awk 部分更改为：

awk -v re="$re" '{sum+=$3} END { if(re) print sum/re; else print "oo";}'

您必须使用-v 将变量传输到awk。
而且最好检查re 是否为零。
我用oo代表Infinity symbol。

【讨论】：

恕我直言，它仍然可能会出现错误，例如尝试从 0 开始除以等，因为这里没有执行检查以检查 re 的值。
@RavinderSingh13 已更新。感谢您的建议。
@RavinderSingh13 我没想到，谢谢 :)

【解决方案2】：

我不清楚你为什么将echo 命令的输出发送到awk。您实际的awk 命令应该是为了避免您的错误（其中它告诉您将它除以零）。尝试将您的awk 程序更改为关注一次？

awk -v re="$re" '{sum+=$3} END {if(re){print (sum/re)} else {print "Please check seems value of re is ZERO else you will get an error from awk program}}'

【讨论】：

【解决方案3】：

将 bash 变量放入 awk 即可完成工作：

awk '{sum+=$3} END { print(sum/'${re}') }'

在传递给 awk 之前，最好在 bash 中检查 ${re} 以进行非零检查。

【讨论】：

恕我直言，这不会以两种方式起作用。第一个-在awk bash 变量不能以这种方式传递第二个没有条件检查re 这里的值。
@RavinderSingh13 好吧，你可以这样传递它，但这是一个不好的方法:)