汇总列值的组合答案

【问题标题】：Summing up combinations of column values汇总列值的组合
【发布时间】：2018-04-19 04:56:18
【问题描述】：

我有一个包含两列的数据框

richness<- data.frame ("replicate_id"=c("1", "9", "10"), 
                       "richness"= c(3, 2, 4))

我试图得到一个结果，其中我有 replicate_id 的所有组合以及 richness 的总和与相关的复制所以

[1] - 3

[9] - 2

[10] - 4

[1+9] - 5

[1+10] - 7

[9+10] - 6

[1+9+10] - 9

最终，我不关心replicate_id，只希望结果输出类似于：

output<- data.frame ("n.replicates"=c("1", "1", "1", "2", "2", "2", "3"), 
                       "richness"= c(3, 2, 4, 5, 7, 6, 9))

我在一个嵌套的 for 循环中使用了这个，因为我有好几天的相同数据。注意：这意味着复制 id 的长度每天都在变化（在示例中我只有三个，但依赖的数量越来越少）。我似乎已经尝试了一百万件事。这是我用来获取组合的方法：

library(gtools)
for (i in 1:length(richness$replicate_id)){
  combs <-  data.frame(combinations (length(richness$replicate_id), i, richness$replicate_id))}

但是在那之后我尝试的一切都失败了，我尝试创建行值的向量，然后总结如果 replicate_id 在行值向量中但无济于事。

任何帮助将不胜感激，希望这有意义吗？除了遇到问题之外，我还在纠结如何表述问题。

【问题讨论】：

标签： r for-loop combinations

【解决方案1】：

我们可以使用lapply 并循环遍历richness 的每一行，然后一次创建richness 的所有组合以及x。然后我们创建该组合的数据框，然后将它们rbind 组合在一起。

do.call("rbind", lapply(seq_along(richness$replicate_id), function(x) {
   temp = combn(richness$richness, x)
   data.frame(n.replicate = x, richness = colSums(temp))
 }))


#  n.replicate richness
#1           1        3
#2           1        2
#3           1        4
#4           2        5
#5           2        7
#6           2        6
#7           3        9

没有do.call参数的中间步骤返回

lapply(seq_along(richness$replicate_id), function(x) {
  temp = combn(richness$richness, x)
  data.frame(n.replicate = x, richness = colSums(temp))
 })

#   [[1]]
#  n.replicate richness
#1           1        3
#2           1        2
#3           1        4

#[[2]]
#  n.replicate richness
#1           2        5
#2           2        7
#3           2        6

#[[3]]
#  n.replicate richness
#1           3        9

【讨论】：