R. 字母组合答案

【问题标题】：R. Combinations of lettersR. 字母组合
【发布时间】：2013-10-25 14:56:04
【问题描述】：

我应该有这样的输出：

AAAA
AAAG
AAAC
AAAT
AAGA
AAGG
...

我想首先用数字来做这件事，将“A”表示为 1，将“G”表示为 2，等等......

1111
1112
...

然后将 1 转换为“A”等等。我找到了这个函数expand.grid，但这给了我一个包含 4 个变量（4 列）的数据框，每个变量代表一个数字。

你还有别的想法吗？

提前致谢。

【问题讨论】：

标签： r combinations

【解决方案1】：

编辑：我最初的答案错误地假设您已经拥有索引向量。要从头开始生成这些字母的所有可能组合的向量，请尝试以下操作：

x <- expand.grid(rep(list(c('A', 'G', 'T', 'C')), 4))
do.call(paste0, x)

您可以使用chartr 来做到这一点。

x <- c(1111, 1112, 1113, 1114, 1121)
chartr('1234', 'AGCT', x)
# [1] "AAAA" "AAAG" "AAAC" "AAAT" "AAGA"

【讨论】：

但我应该获得所有可能的组合：TTAT (4414)、AGAG (1212) 等等……
哦，对不起。我看错了。我以为你已经有了索引向量。
如果您仍然想使用chartr（尽管它不是最好的解决方案），您可以分两步完成：step1=expand.grid(l1=1:4,l2=1:4,l3=1:4,l4=1:4) 和result=chartr('1234','AGCT',paste0(step1[,1],step1[,2],step1[,3],step1[,4]))

【解决方案2】：

如果我理解正确，您可以获得所有组合，只有数字被分成不同的列。你想要你的输出在哪里？如果你想输出到一个文件，你可以不只是做这样的事情：

sink(SOME_FILENAME)

for(i in 1:nrow(YOUR_DATAFRAME))
{
    for(j in 1:ncol(YOUR_DATAFRAME))
    {
        print(YOUR_DATAFRAME[i,j])
    }

    print("\n")
}

【讨论】：

【解决方案3】：

在意识到您只想要 AGCT 的 4 元素组合/排列的完整“甲板”（而不是将数字翻译成字母，我认为这将比 expand.grid 方法快得多。：

levs <- paste0( gl(4, 4^3, 4^4, labels=c("A","G","C","T") ), 
                gl(4, 4^2, 4^4, labels=c("A","G","C","T")),
                gl(4, 4,   4^4, labels=c("A","G","C","T")), 
                gl(4, 1,   4^4, labels=c("A","G","C","T")) )

head(levs)
[1] "AAAA" "AAAG" "AAAC" "AAAT" "AAGA" "AAGG"

【讨论】：