查找 R 中的所有唯一组合

Question

我有 uniq 元素的向量。我需要创建这个向量元素的所有唯一组合（2 个和 3 个）。我尝试使用expand.grid() 函数

genes <- c('A', 'B')
expand.grid(genes, genes)

但输出不包含 uniq 元素

  Var1 Var2
1    A    A #not uniq
2    B    A
3    A    B #not uniq because we already have B+A combination
4    B    B #not uniq

所以我的示例中的结果必须只有 1 行 - B A 或 A B。 3 组合同样的问题

> genes = c('A', 'B', 'C')
> expand.grid(genes, genes, genes)
   Var1 Var2 Var3
1     A    A    A #not uniq
2     B    A    A #not uniq
3     C    A    A #not uniq
4     A    B    A #not uniq
5     B    B    A #not uniq
6     C    B    A 
7     A    C    A #not uniq
8     B    C    A #not uniq
9     C    C    A #not uniq
10    A    A    B #not uniq
11    B    A    B #not uniq
12    C    A    B #not uniq
13    A    B    B #not uniq
14    B    B    B #not uniq
15    C    B    B #not uniq
16    A    C    B #not uniq
17    B    C    B #not uniq
18    C    C    B #not uniq
19    A    A    C #not uniq
20    B    A    C #not uniq
21    C    A    C #not uniq
22    A    B    C #not uniq
23    B    B    C #not uniq
24    C    B    C #not uniq
25    A    C    C #not uniq
26    B    C    C #not uniq
27    C    C    C #not uniq

如何获得 2 和 3 的所有唯一组合？

更新 combn() 不起作用

genes = c('A', 'B', 'C')
combn(genes, 2)
     [,1] [,2] [,3]
[1,] "A"  "A"  "B" 
[2,] "B"  "C"  "C" 

如果我有 genes = c('A', 'B', 'C') 想要获取具有三个对组合的数据框

  Var1 Var2
1    A    B
2    A    C
3    B    C

如果我搜索三元组，还有一个包含 1 个三元组组合的数据框：

   Var1 Var2 Var3
1     A    B    C

类似的东西

uniq_pairs = some_function(genes, 2)
uniq_triplets = some_function(genes, 3)

Answer 1

更新

如果你想要一个函数，试试下面

> f <- function(genes, k) data.frame(t(combn(genes, k)))

> f(genes, 2)
  X1 X2
1  A  B
2  A  C
3  B  C

> f(genes, 3)
  X1 X2 X3
1  A  B  C

---

你的意思是combn？

> genes <- c("A", "B", "C")

> unlist(sapply(2:3, function(k) combn(genes, k, paste0, collapse = "+")))
[1] "A+B"   "A+C"   "B+C"   "A+B+C"

Answer 2

您可以将lapply 与combn 一起使用-

genes = c('A', 'B', 'C')

lapply(2:length(genes), function(x) combn(genes, x, paste0, collapse = ' + '))

#[[1]]
#[1] "A + B" "A + C" "B + C"

#[[2]]
#[1] "A + B + C"

如果你想要一个单一的向量作为输出，你可以unlist上面的输出。

Answer 3

我不确定：从tidyr 包中尝试crossing：

library(tidyr)

crossing(var1='A', var2='B')

crossing(var1='A', var2='B', var3='C')

输出：

crossing(var1='A', var2='B')
# A tibble: 1 x 2
  var1  var2 
  <chr> <chr>
1 A     B    
> crossing(var1='A', var2='B', var3='C')
# A tibble: 1 x 3
  var1  var2  var3 
  <chr> <chr> <chr>
1 A     B     C    

Answer 4

purrr 解决方案可能是

library(purrr)

genes <- c("A", "B", "C")

data.frame(name = c("uniq_pairs", "uniq_triplets"), n = 2:3) %>% 
  split(., f = .$name) %>% 
  map(~ t(combn(genes, .x$n)))

返回

$uniq_pairs
     [,1] [,2]
[1,] "A"  "B" 
[2,] "A"  "C" 
[3,] "B"  "C" 

$uniq_triplets
     [,1] [,2] [,3]
[1,] "A"  "B"  "C"