在 R 中，如何根据系统发育树的尖端和边缘对数据向量进行排序？

Question

我想根据为该树的每个分支估计的一些值绘制具有颜色的系统发育树。根据plot.phylo和phytools的各种功能，可以：plot.phylo(tree,edge.color=col)，但是向量col必须遵循tree$edge的顺序。

问题是：我的数据同时包含边缘和尖端，是否可以在一致的调色板中绘制两者？

简短示例：

test.mod:
((a:1,b:1)a-b:1,(c:1,d:1)c-d:1)a-d;

test.data:
a 0.5
b 0.6
a-b 1
c 2.5
d 2
c-d 2.1
a-d 1.5

提前致谢， 泽维尔

Answer 1

这取决于您要达到的目标。有些方法可以很容易地实现自动化（例如我的第二个示例）。

恕我直言，如果您想根据分类或类似情况为每个分支赋予不同的颜色，则必须手动为树着色，例如：

library("ape")
tree <- read.tree("tree.mod")

tree$edge
#     [,1] [,2]
#[1,]    5    6 # root -> a:b
#[2,]    6    1 # == "a"
#[3,]    6    2 # == "b"
#[4,]    5    7 # root -> c:d
#[5,]    7    3 # == "c"
#[6,]    7    4 # == "d"

cols <- rep(c("red", "green"), each=3)
plot.phylo(tree, edge.col=cols)

一个可以自动完成的简单示例是为最后一片叶子着色，例如：

ntips <- length(tree$tip.label)
cols <- c(rainbow(ntips), rep("black", nrow(tree$edge)-ntips+1))
plot.phylo(tree, edge.col=cols[tree$edge[,2]])

编辑：在匹配标签之前，您必须按tree$edge[,2] 对标签进行排序。请在下面找到一个示例：

library("ape")
tree <- read.tree("tree.mod")

myColors <- c(node="black", a="red", b="green", c="blue", d="purple")
myLabels <- c(tree$tip.label, tree$node.label)

## match colors and labels (nomatch == node => select idx 1)
## (myLabels are reordered by edge ordering
selColors <- myColors[match(myLabels[tree$edge[,2]], names(myColors), nomatch=1)]

plot.phylo(tree, edge.col=selColors)