R：列表列表中的newick树答案

【问题标题】：R: newick tree from list of listsR：列表列表中的newick树
【发布时间】：2013-04-05 05:26:51
【问题描述】：

我正在努力从孩子列表中创建一棵新树。我有一个列表列表，其中列表名称是父名称，列表元素是孩子。这是一个例子：

$`825`
[1] 824

$`824`
[1] 823

$`823`
[1] 822

$`822`
[1] 821

$`821`
[1] 820 777

$`820`
[1] 819 816 789 787 785 783

$`789`
[1] 788

$`787`
[1] 786

$`785`
[1] 784

$`783`
[1] 782

$`777`
[1] 776

因此我想要的输出是 newick 格式的 phylo 树，如下所示：

825(824(823(822(821(820(819,816,789(788),787,785(784),783(782)),777(776)))))

最好的方法是什么？一种方法是编写一个深度遍历一阶并创建树的递归函数。但是在 R 中，递归被认为是不好的。

谢谢。

【问题讨论】：

标签： r tree dataframe phylogeny

【解决方案1】：

如果您正在寻找预装解决方案，我相信 bioconductor/ape 库有一个列表 -> newick 转换器

http://www.r-phylo.org/wiki/HowTo/InputtingTrees

否则，我前段时间写了一些代码来实现邻接算法；它非常简洁（在紧迫的期限内编写），但也许会有所帮助。

https://github.com/rgrannell1/NJ/blob/master/main.R

希望能有所帮助

【讨论】：