R中的置换包

Question

我从 StackOverflow 论坛看到了 Permute 包。我正在尝试将排列作为我项目的一部分。我试图使用包multtest 中的mt.sample.rawp()。但是我需要一些规范，但我无法使用上述功能。我想知道我是否可以使用你的包裹。我会解释我的问题。我是 R 新手，如果我的 R cmd 知识薄弱，我深表歉意。

我有一个数据集，我想对类标签 (CL) 执行排列并计算 原始 p 值。 我有 我自己的 t 检验，它是一个修改后的 t 检验 我的项目需要。我应该能够使用我的这个修改后的 t 检验来执行 排列。

此外，这与您使用软件包解决的问题之一有点相似。我有 2 个类标签，但是当我置换时，我的数据中的每个样本都有一个索引值，因此不应该对数据中的每一行进行置换，而是为数据中的每个索引置换类标签 (CL)。

我的数据的一个例子：

Sample  1 2 3 4 5 6 7 8 
Index   1 1 2 2 3 3 4 4 
CL      0 0 1 1 1 1 0 0 

我无法在此处以矩阵格式显示它。每个标题都是我数据集中的一列。我可以使用的任何 sn-ps 或参考代码。提前感谢您的时间和帮助。

Answer 1

require(permute) ## load package

## data
dat <- data.frame(Sample = 1:8, Index = rep(1:4, each = 2),
                  CL = c(0,0,1,1,1,1,0,0))

现在我们需要一个控制对象来定义排列应该如何分层。为此使用permControl():

> ctrl <- with(dat, permControl(strata = Index))
> ctrl

No. of permutations: 199  

**** STRATA ****
Permutations are stratified within: Index 
Strata unpermuted

**** SAMPLES ****
Permutation type: free 
Mirrored permutations for Samples?: No 
Use same permutation within strata?: No

接下来我们生成排列，这里我生成一组 10 个行索引排列

> set.seed(10)
> perms <- shuffleSet(nrow(dat), nset = 10, control = ctrl)
> perms
      [,1] [,2] [,3] [,4] [,5] [,6] [,7] [,8]
 [1,]    2    1    3    4    5    6    7    8
 [2,]    2    1    4    3    5    6    7    8
 [3,]    1    2    3    4    6    5    8    7
 [4,]    1    2    4    3    6    5    8    7
 [5,]    1    2    3    4    6    5    8    7
 [6,]    1    2    3    4    5    6    7    8
 [7,]    1    2    3    4    5    6    7    8
 [8,]    1    2    3    4    5    6    7    8
 [9,]    2    1    4    3    5    6    7    8
[10,]    2    1    3    4    5    6    7    8

perms 的行是排列，列是指原始数据的行。

如果您一次只需要一个排列，例如当您使用循环进行排列测试时，请使用 shuffle() 而不是 shuffleSet()，例如：

> set.seed(10)
> perm <- shuffle(nrow(dat), control = ctrl)
> perm
[1] 2 1 3 4 5 6 7 8

要使用perms 的随机集，只需索引到dat：

> dat[perms[1, ], ]
  Sample Index CL
1      1     1  0
2      2     1  0
4      4     2  1
3      3     2  1
5      5     3  1
6      6     3  1
8      8     4  0
7      7     4  0
> dat[perms[2, ], ]
  Sample Index CL
1      1     1  0
2      2     1  0
3      3     2  1
4      4     2  1
5      5     3  1
6      6     3  1
7      7     4  0
8      8     4  0
> dat[perms[3, ], ]
  Sample Index CL
2      2     1  0
1      1     1  0
3      3     2  1
4      4     2  1
6      6     3  1
5      5     3  1
7      7     4  0
8      8     4  0