Torch 无法找到 HDF5 头文件答案

【问题标题】：Torch unable to locate HDF5 header fileTorch 无法找到 HDF5 头文件
【发布时间】：2017-11-05 09:14:31
【问题描述】：

所以，我正在尝试使用 this tutorial 在我的 mac (Sierra) 上设置 torch-rnn。我已经完成了第 1-6 步（基本安装和预处理数据），但是当我尝试运行所需的实际训练命令时，我遇到了错误：

Catons-Mac-mini:torch-rnn catons$ th train.lua -gpu -1 -input_h5 data/datafile.h5 -input_json data/datafile.json
/Users/catons/torch/install/bin/luajit: /Users/catons/torch/install/share/lua/5.1/trepl/init.lua:389: /Users/catons/torch/install/share/lua/5.1/trepl/init.lua:389: /Users/catons/torch/install/share/lua/5.1/hdf5/ffi.lua:42: Error: unable to locate HDF5 header file at /usr/local/Cellar/hdf5/1.10.1/include;/usr/include;/usr/local/opt/szip/include/hdf5.h
stack traceback:
    [C]: in function 'error'
    /Users/catons/torch/install/share/lua/5.1/trepl/init.lua:389: in function 'require'
    train.lua:6: in main chunk
    [C]: in function 'dofile'
    ...tons/torch/install/lib/luarocks/rocks/trepl/scm-1/bin/th:150: in main chunk
    [C]: at 0x0105195a10

注意：由于缺乏 CUDA 支持，我不得不修改 train 命令

我尝试使用 brew 卸载和重新安装 hdf5，包括使用 --with-mpi 选项。尽管如此，头文件仍然没有显示出来。

感谢您的帮助或建议！

编辑：好的，所以头文件实际上在那里，我认为由于权限问题，torch 无法找到它，因为我将文件的权限设置为-rwxrwxrwx（诚然，可能有点矫枉过正）。

【问题讨论】：

标签： hdf5 torch

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题。我正在使用 Sierra 运行 2013 年初的 Mac。

对我有用的是使用 HDF5 1.8 而不是 1.10.1。

brew install hdf5@1.8

然后更新 /Users/catons/torch/install/share/lua/5.1/hdf5/init.lua 中的路径以指向 1.8 而不是 1.10.1。

hdf5._config = {
  HDF5_INCLUDE_PATH = "/usr/local/Cellar/hdf5@1.8/1.8.18/include",
  HDF5_LIBRARIES = "/usr/local/Cellar/hdf5@1.8/1.8.18/lib/libhdf5.dylib;/usr/local/opt/szip/lib/libsz.dylib;/usr/lib/libz.dylib;/usr/lib/libdl.dylib;/usr/lib/libm.dylib"
}

如果在此之后出现“关闭”错误，请将同一目录下 ffi.lua 文件中的第 44 行替换为：

local process = io.popen("gcc -D '_Nullable=' -E " .. headerPath) -- TODO pass -I

最后，如果你使用的是torch-cl，你需要在config.lua和ffi.lua的torch-cl版本中替换路径和第44行。

【讨论】：