【发布时间】:2012-05-31 02:27:38
【问题描述】:
背景
大家好,
我正在尝试使用 Boost::MPI,目前我只是尝试从 tutorial 运行简单的第一个示例。我在构建/运行它时遇到问题。
我使用 apt-get 安装了 boost,并使用 synaptic 包管理器安装了 boost_mpi 和 boost_serialization (1.48.0)。我使用 apt-get 安装了 MPICH2。
尽管 OpenMPI 从未显式安装,但它似乎在我的系统上,我认为这是 Boost::MPI 的依赖项,但似乎 MPICH2 和 OpenMPI 正在互相踩踏。
信息
如果我使用
构建g++ test.cpp -I/usr/include/mpich2 -L/usr/lib -lboost_mpi -lboost_serialization
然后运行
mpiexec -n 2 ./a.out
它抛出了一堆似乎来自 OpenMPI 的错误。如果我尝试通过使用
链接到 OpenMPI 库来构建g++ test.cpp -L/usr/lib -lboost_mpi -lboost_serialization -lmpi -I/usr/include/openmpi
我收到以下错误:
/usr/bin/ld: /tmp/ccJ5ezv7.o: undefined reference to symbol 'ompi_op_set_cxx_callback'
/usr/bin/ld: note: 'ompi_op_set_cxx_callback' is defined in DSO /usr/lib/libmpi.so.0 so try adding it to the linker command line
/usr/lib/libmpi.so.0: could not read symbols: Invalid operation
如果我尝试通过以下命令使用mpic++ 构建
mpic++ test.cpp -lboost_mpi -lboost_serialization
它不会链接返回一堆表单的错误
/usr/lib/libmpich.so: undefined reference to `MPL_trid'
所以我尝试链接 libmpi,即
mpic++ test.cpp -lboost_mpi -lboost_serialization -lmpi
这会构建,但在使用 mpiexec 运行时会产生以下错误
Fatal error in PMPI_Errhandler_set: Invalid communicator, error stack:
PMPI_Errhandler_set(118): MPI_Errhandler_set(comm=0x370500, errh=0x370be0) failed
PMPI_Errhandler_set(70).: Invalid communicator
问题
在我看来,不知何故 OpenMPI 和 MPICH2 在真正不应该的地方交织在一起。有谁知道我如何仅针对 OpenMPI 或 MPICH2 构建然后使用正确的 mpiexec 运行?
【问题讨论】:
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你不能卸载 openmpi 或 mpich 吗?
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我尝试运行
sudo apt-get remove mpich2,但它似乎离开了所有库并在我的系统上包含文件 -
试试
sudo apt-get purge mpich2。purge也会删除所有文件。 -
@Dan 可能你也需要删除 libmpich
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试过
sudo apt-get purge mpich2,现在找不到mpiexec。apt-get不会碰 openmpi-dev 因为它认为它是最新的。