【问题标题】:running R in emacs on LSF在 LSF 上的 emacs 中运行 R
【发布时间】:2013-05-11 17:45:38
【问题描述】:

我想使用 ESS 在 emacs 中运行 R。我的 R 会话以交互方式运行,但使用 LSF 提交到不同的主机。有没有办法使这项工作?也就是说,R 没有在本地运行。但是,ESS 似乎运行了一个无法运行的本地副本,因为它限制了资源。有没有地方可以指定 ESS 应该运行什么命令来启动 R?

【问题讨论】:

    标签: r emacs ess lsf


    【解决方案1】:

    ESS 可以轻松处理远程进程:

    http://ess.r-project.org/Manual/ess.html#ESS-processes-on-Remote-Computers

    您需要自己使用 emacs 的 telnet 或 ssh 连接到远程主机,在那里启动 R,然后通过在该缓冲区中执行 M-x ess-remote 告诉 ESS 使用该缓冲区。

    【讨论】:

    • 是的,我见过这个。这不是我需要的。我需要 emacs 来发出 lsf 命令,而不是我远程登录到远程节点。所以不是运行“R”的emacs,我需要它来运行“bsub R stuff”
    • 我明白了。我认为开箱即用的 ESS 仅支持 SAS 和 JAGS 的批处理。 JAGS 实现 (ess-jags-d.el) 相当简单,您可以将其用作起点并对其进行修改以适应通过 lsf 提交 R 作业吗?
    • 您可以使用 emacs shell 并运行 LSF 交互式作业来代替 ssh 吗?像“bsub -Is /bin/bash”这样的东西。
    • 有趣的想法@MichaelClosson,我是新手,所以你能详细说明一下它是如何工作的。
    • 如何在 LSF 配置中启动交互式 R 会话? “bsub -Is /your_path_to_R/R”可能是一种方式。您可以使用“M-x shell”在 emacs 中打开 shell,然后通过该 bsub 命令启动 R,然后在该缓冲区中执行“M-x ess-remote”。 ess-remote 不关心交互式 R 会话来自何处,只要它在某些 emacs 缓冲区中运行即可。
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