在/中执行时如何不以root身份执行MPI答案

【问题标题】：How to execute MPI not as root when executing in /在/中执行时如何不以root身份执行MPI
【发布时间】：2016-11-15 04:01:41
【问题描述】：

我在执行 SSH 和 MPICH 时遇到了一些问题。从我之前提出的一些问题中，我能够进行到执行 mpi_hello.c 程序的程度。

作为参考，我正在按照本教程设置 MPICH：https://help.ubuntu.com/community/MpichCluster

我在 root 中创建了一个名为 clusterFiles 的目录，并在所有节点上创建了一个名为 clusterUser (clusteruser) 的用户。我导出了 clusterFiles 并在所有节点中安装了 clusterFiles。此外，我在主节点上将 clusterFiles 的所有权更改为 clusterUser。我还将 clusterUser 的主目录更改为 /clusterFiles。

我在主节点上为 clusterUser 创建了一个 ssh 密钥，并将该密钥添加到授权列表中。我在所有节点和主节点上安装了一个钥匙串，我按照指南中的说明编辑了 .bashrc（我将指南中的内容复制到了 .bashrc）

我还在所有节点上安装了 MPICH2 和 GCC。

我为我的特定集群编辑了机器文件。

但是，当我去执行 MPI hello_world.c 程序时，这就是发生错误的地方。

我将指南上的代码复制并粘贴到一个 .c 文件中，并将其命名为 mpi_hello.c（这是在主节点上完成的）。

在指南的最后一部分，他只是调用了mpicc [arguments] 和mpiexec [arguments]。但是，当我打电话给 mpicc 时，我需要sudo mpicc [arguments]。这是我应该关注的问题，还是应该这样做的正确方法？

当我运行 mpiexec（不带 sudo）时，我收到以下错误：

clusteruser@rgcluster2blade1:~$ mpiexec -n 7 -f machinefile ./mpi_hello

[mpiexec@rgcluster2blade1] HYDU_parse_hostfile (./utils/args/args.c:323): unable to open host file: machinefile

[mpiexec@rgcluster2blade1] mfile_fn (./ui/mpich/utils.c:341): error parsing hostfile

[mpiexec@rgcluster2blade1] match_arg (./utils/args/args.c:153): match handler returned error

[mpiexec@rgcluster2blade1] HYDU_parse_array (./utils/args/args.c:175): argument matching returned error

[mpiexec@rgcluster2blade1] parse_args (./ui/mpich/utils.c:1609): error parsing input array

[mpiexec@rgcluster2blade1] HYD_uii_mpx_get_parameters (./ui/mpich/utils.c:1660): unable to parse user arguments

[mpiexec@rgcluster2blade1] main (./ui/mpich/mpiexec.c:153): error parsing parameters

这些文件是不是忘记安装了？起初，我认为我需要在 mpiexec 前面使用 sudo。所以当我执行时：sudo mpiexec [arguments] 它“运行”，但当我需要它以集群用户身份连接时，它以 root 身份连接到 SSH 集群。

我主要担心的是他没有以 root 身份执行他的命令。我想知道是否有一个隐含的步骤，或者至少有一个我应该执行但没有执行的命令？

另外，我注意到，当我尝试在其他节点上将 clusterFiles 的所有权更改为 clusterUser 时，我会收到一个操作不允许的错误（执行此命令时我是 root）。我的想法是，由于我更改了主节点的所有权，它会传播到其他节点，因为它们具有相同的用户名。因此，我有效地将所有权更改为自身。这是一个正确的想法还是还有更多？

编辑：

根据用户祖蓝的建议，我检查了machinefile的权限，有趣的是，它仍然设置为rgcluster2blade1。我决定运行命令sudo chown -R clusteruser /clusterFiles 以使clusterFiles 中的所有文件/文件夹都归clusteruser 所有。我只在主节点上完成了这个。将检查其他节点。

编辑 2：

好的，所以在检查了集群的其余部分之后（在做整个事情之前，我现在只用 4 个进行实验）我发现其中 2 个节点正在向除了 clusteruser 之外的另一个用户授予权限。他们将其提供给用户渲染。我尝试执行 sudo chown command 但在两者上，我都收到了 Operation not allowed 错误

【问题讨论】：

通常使用 NFS，您应该确保所有节点上的用户 ID 和组 ID 相同。查看相关共享文件夹的权限，特别是machinefile。检查它们是否在所有节点上保持一致并将它们发布在此处。
@Zulan 当然，我会更乐意提供。检查文件权限的控制台命令是什么？
您可以在包含machinefile 的共享目录中运行ls -l。它将列出每个文件的所有者、组和权限。在所有节点上运行，看看是否一致。
@Zulan 好的，所以在一台服务器上，机器文件不属于 clusteruser。我尝试使用 sudo chown 对其进行更改，但收到操作不允许的错误。
在 NFS 上，所有系统上的用户 ID 必须相同。如果 NFS 文件夹在不同系统上显示不同的所有权，则表明情况并非如此。另见help.ubuntu.com/community/SettingUpNFSHowTo#User_Permissions

标签： ubuntu ubuntu-14.04 mpi cluster-computing

【解决方案1】：

只是作为更新。由于我发现 GID 和 UID 都乱了，我决定删除用户并创建一个新帐户。在做任何事情之前，我确保检查并在需要时更改用户的 UID 和 GID，以使它们在所有节点上都相同。我不记得我头顶上的命令。稍后会寻找它。一旦我找到它，我会更新这个答案。

Anftwards，我继续使用指南，一切正常。

【讨论】：