【发布时间】：2012-08-23 10:50:45
【问题描述】：
在我重新编译我的 (C) 程序后，一些节点正在运行旧的编译（调试信息仍在其中），而一些节点正在运行新的副本。服务器运行的是 Gentoo Linux，所有节点都从同一个存储中获取文件。我被告知文件系统是 NFS。我使用的 MPI 是 MPICH 版本 1.2.7。 为什么有些节点没有使用新编译的副本？
更多细节（以防您无法入睡）：
我正在尝试创建我的第一个 MPI 程序（我也是 C 和 Linux 的新手）。我的代码中有以下内容：
#if DEBUG
{
int i=9;
pid_t PID;
char hostname[256];
gethostname(hostname, sizeof(hostname));
printf("PID %d on %s ready for attach.\n", PID=getpid(), hostname);
fflush(stdout);
while (i>0) {
printf("PID %d on %s will wait for `gdb` to attach for %d more iterations.\n", PID, hostname, i);
fflush(stdout);
sleep(5);
i--;
}
}
#endif
然后我重新编译了（没有-DDEBUG=1选项，所以上面的代码被排除了）
$ mpicc -Wall -I<directories...> -c myprogram.c
$ mpicc -o myprogram myprogram.o -Wall <some other options...>
程序编译没有问题。然后我像这样执行它：
$ mpirun -np 3 myprogram
有时（而且越来越频繁），可执行文件的不同副本会在集群的不同节点上运行？在某些节点上，调试代码会执行（并打印），而在某些节点上则不会。
请注意，集群当前正在经历一些“时钟偏差”（或类似情况），这可能是原因。这是问题所在吗？
另外请注意，我实际上只是通过注释/取消注释 Makefile 中的行来更改编译选项，因为我还没有时间实现 these suggestions。
编辑：当问题出现时，md5sum myprogram 在出现问题的节点上返回不同的值。
【问题讨论】：
-
问题是由于时钟偏差。您应该运行 NTP 以同步集群上的时钟。基本上，与构建机器（或 NFS 服务器）相比，某些机器上的时钟是未来的，因此他们认为他们的文件副本更新。如果您无法在集群上设置 NTP，您可以在每次构建之前删除可执行文件作为解决方法。
-
好的。大奶酪现在正试图找出时钟偏差。但请注意，我确实尝试删除可执行文件（使用
make clean），然后在构建之前重新编译，但问题还是再次出现。 “他们认为他们的文件副本较新”是什么意思？他们不是都访问同一个副本吗？具体来说，它是磁盘驱动器上的那个。您是指程序的缓存副本，还是类似的东西？ -
对不起，删除的想法行不通，原因相同：缓存。 NFS 缓存文件属性和正/负查找（找到/未找到文件，这就是删除不起作用的原因）。此缓存与普通缓冲区缓存一起使用 - 缓存的缓冲区仅在属性无效时才会失效。现在我想起来了，我实际上并不确定时钟偏差是否会影响 NFS 缓存。不过，它肯定会与
make混淆。尝试使用noac选项挂载您的 NFS 共享以禁用属性缓存。 -
我们修复了时钟偏差，但问题仍然存在。现在
md5sum永远不会更新，即使新编译的版本是正在执行的版本。我想我会尝试用noac说服所有者安装。 -
noac的性能损失会花费我们多少？它会影响什么？谢谢。