关于使用 HDF5 和 mpi 编译源代码的问题答案

【问题标题】：Question about compiling sources code with HDF5 and mpi关于使用 HDF5 和 mpi 编译源代码的问题
【发布时间】：2020-11-30 10:01:32
【问题描述】：

当我尝试通过'make'编译源代码时，创建'.o'文件的第一步运行良好，所有'.o'文件都可以正常编译。但是，在编译可执行文件时：

mpifort -fopenmp -O3 -o MyEXE sth.o main.o -L/usr/local/share/fftw-3.3.8/lib -lfftw3_mpi -lfftw3 -lm -L/usr/local/share/mpich-3.2/lib -lmpi -lz -L/usr/local/share/hdf5-1.8.18/lib                                                                               -lhdf5_fortran -lhdf5hl_fortran -lhdf5_hl -lhdf5 -fPIC

出现以下错误：

/usr/bin/ld: /usr/local/share/hdf5-1.8.18/lib/libhdf5.a(H5PL.o): undefined reference to symbol 'dlclose@@GLIBC_2.2.5'
//lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2: error adding symbols: DSO missing from command line
collect2: error: ld returned 1 exit status

我该如何解决这个问题？一些页面提示这是由于调用 c++ 编译器时的 '-ldl- 标志，但我找不到适合我的情况的方法。

【问题讨论】：

标签： linux mpi gfortran hdf5 fftw

【解决方案1】：

页面是正确的。您的 HDF5 库 libhdf5.a 使用函数 dlclose，该函数在库 libdl 中定义。要使用它，您只需在 mpifort 命令行的末尾添加 -ldl。

【讨论】：

非常感谢，问题似乎可以通过在末尾添加“-ldl”标志来解决。